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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6igv | ||||||
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タイトル | Kif5b stalk I coiled-coil | ||||||
![]() | Kinesin-1 heavy chain | ||||||
![]() | MOTOR PROTEIN / coiled-coil | ||||||
機能・相同性 | ![]() RHO GTPases activate KTN1 / membrane-bounded organelle / cytoplasm organization / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / Kinesins / positive regulation of vesicle fusion / anterograde axonal protein transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport ...RHO GTPases activate KTN1 / membrane-bounded organelle / cytoplasm organization / plus-end-directed vesicle transport along microtubule / anterograde dendritic transport of neurotransmitter receptor complex / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / Kinesins / positive regulation of vesicle fusion / anterograde axonal protein transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / vesicle transport along microtubule / cytoskeleton-dependent intracellular transport / positive regulation of intracellular protein transport / lysosome localization / positive regulation of potassium ion transport / MHC class II antigen presentation / JUN kinase binding / plus-end-directed microtubule motor activity / stress granule disassembly / centrosome localization / microtubule motor activity / ciliary rootlet / natural killer cell mediated cytotoxicity / microtubule lateral binding / kinesin complex / synaptic vesicle transport / mitochondrial transport / microtubule-based movement / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / microtubule-based process / endocytic vesicle / centriolar satellite / axonal growth cone / axon cytoplasm / phagocytic vesicle / dendrite cytoplasm / regulation of membrane potential / axon guidance / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / hippocampus development / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to type II interferon / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / vesicle / microtubule / neuron projection / lysosomal membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, S.J. / Sun, W.p. / Kong, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kif5b stalk I coiled-coil 著者: Zhang, S.J. / Sun, W.p. / Kong, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 34.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 23.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13585.194 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 446-563 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 10.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 88.11 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 40%MPD, 0.1M sodium cacodylate pH6.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.999→50 Å / Num. obs: 15845 / % possible obs: 83.91 % / 冗長度: 18.5 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 14.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.68 / Num. unique obs: 11994 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.214 / % possible all: 37.75 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.98 Å2 / Biso mean: 23.1356 Å2 / Biso min: 1.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.999→37.571 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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