PDB-6igp: Crystal structure of S9 peptidase (inactive state)from Deinococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6igp

タイトル

Crystal structure of S9 peptidase (inactive state)from Deinococcus radiodurans R1 in P212121

要素

Acyl-peptide hydrolase, putative

キーワード

HYDROLASE / Serine peptidase / Merops S9 / POP family

機能・相同性

WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / Acyl-peptide hydrolase, putative

機能・相同性情報

生物種

Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Yadav, P. / Goyal, V.D. / Kumar, A. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Carboxypeptidase in prolyl oligopeptidase family: Unique enzyme activation and substrate-screening mechanisms.
著者: Yadav, P. / Goyal, V.D. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Gokhale, S.M. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

履歴

登録	2018年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6igp.cif.gz	898.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6igp.ent.gz	743.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6igp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6igp_validation.pdf.gz	472 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6igp_full_validation.pdf.gz	489.4 KB	表示
XML形式データ	6igp_validation.xml.gz	86.7 KB	表示
CIF形式データ	6igp_validation.cif.gz	124.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/6igp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yzmSC 5yznC 5yzoC 6igqC 6igrC 6ikgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yzm-d 6igr-d 6igq-d 7051 4bur-d 21358 1u99-1 6kqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl-peptide hydrolase, putative

B: Acyl-peptide hydrolase, putative

C: Acyl-peptide hydrolase, putative

D: Acyl-peptide hydrolase, putative

ヘテロ分子

291 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, molecular weight of the protein corresponds to 265 kDa based on the elution profile obtained by gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.857, 130.492, 194.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acyl-peptide hydrolase, putative 分子量: 72728.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_0165 / プラスミド: pST50Tr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9RXY9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 960 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 % / 解説: plate like crystals (~100 microns)
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.31 詳細: 50mM Tris-Cl pH 8.5, 200mM ammonium-citrate, 10mM calcium chloride, 14 % PEG 3350 PH範囲: 5.0-5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.74 Å / Num. obs: 119902 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 26.6 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.156 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.865 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 5851 / CC_1/2: 0.876 / R_pim(I) all: 0.288 / R_rim(I) all: 0.912 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YZM

5yzm

解像度: 2.4→48.74 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.46

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2169	5987	5 %	Random selection
R_work	0.1849	-	-	-
obs	0.1866	119705	99.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17926	0	24	960	18910

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	18487
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	25230
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.698	10580
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	2664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.2475	196	0.2236	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4273-2.4558	0.2544	186	0.2182	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4558-2.4858	0.2374	177	0.2115	3762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5172	0.2735	208	0.2153	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5172-2.5504	0.265	200	0.2102	3772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5853	0.2759	205	0.2152	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6222	0.2559	193	0.2093	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6222-2.6614	0.2677	198	0.2114	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.703	0.2639	170	0.2125	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.7473	0.2672	193	0.2084	3760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7946	0.2547	190	0.216	3786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7946-2.8454	0.2463	168	0.2187	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8454-2.9002	0.2588	191	0.216	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9594	0.2763	201	0.203	3752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0237	0.2494	185	0.1989	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.094	0.2354	190	0.1894	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.1714	0.2298	203	0.19	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1714-3.2571	0.2113	193	0.1892	3781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.3529	0.2224	214	0.1926	3769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3529-3.4611	0.195	170	0.1944	3812	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4611-3.5848	0.2337	206	0.1897	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5848-3.7283	0.1766	215	0.1736	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7283-3.8979	0.2064	218	0.1682	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8979-4.1033	0.1957	218	0.162	3789	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1033-4.3602	0.1975	226	0.1489	3798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3602-4.6966	0.1634	236	0.142	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6966-5.1688	0.1756	225	0.1423	3825	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1688-5.9156	0.1811	211	0.1625	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9156-7.4488	0.1989	187	0.1928	3922	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4488-48.7533	0.2078	214	0.1891	3979	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3619	-0.0503	0.1533	0.6445	-0.1196	0.3888	0.0073	0.0506	-0.0977	-0.0686	0.0101	0.0121	-0.0298	-0.0381	-0.0182	0.169	0.0118	0.0086	0.141	-0.0056	0.1187	7.4065	-24.8558	-8.9453
2	1.2601	0.1502	-0.1214	0.5447	-0.0173	0.3065	-0.0204	-0.1918	-0.1228	0.1294	-0.0022	0.0395	-0.0128	0.021	0.0153	0.1887	0.0097	-0.005	0.1754	0.0285	0.1468	26.5763	-25.813	-88.409
3	0.7675	0.1071	0.0695	0.4103	-0.0473	1.3223	-0.0211	-0.1426	-0.0353	0.143	-0.0543	0.067	0.1226	-0.071	0.082	0.2186	-0.0141	0.0113	0.1564	-0.0194	0.2636	-19.2117	-18.7866	-67.0637
4	0.9992	-0.2982	-0.0719	0.6449	-0.0228	1.1245	0.1495	0.4381	0.1474	-0.2369	-0.1611	-0.1128	0.1104	0.0394	0.0182	0.2595	0.0765	0.032	0.3747	0.1042	0.1969	53.5417	-18.8175	-29.9233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resseq 9:655)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resseq 7:655)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resseq 7:655)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resseq 7:655)

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