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- PDB-6ig7: Crystal structure of thermolysin delivered in polyacrylamide usin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ig7
タイトルCrystal structure of thermolysin delivered in polyacrylamide using x-ray free electron laser
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / thermolysin / xfel / serial femtosecond crystallography / sfx / x-ray free electron laser
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEUCINE / LYSINE / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nam, K.H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M3A9F6029736 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Polyacrylamide injection matrix for serial femtosecond crystallography.
著者: Park, J. / Park, S. / Kim, J. / Park, G. / Cho, Y. / Nam, K.H.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年1月23日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn_source ...atom_site / diffrn_source / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 2.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22019年8月28日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_R_split
改定 2.32019年9月18日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.pdbx_R_split
改定 2.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 2.52023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8648
ポリマ－34,3601
非ポリマー5047
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area12210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.663, 92.663, 128.591
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
遺伝子: npr
発現宿主: Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

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非ポリマー , 5種, 149分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#5: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 277.5 K / 手法: small tubes / 詳細: Tris-HCl, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: PAL-XFEL / ビームライン: NCI / 波長: 1.2792 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月19日 / Frequency: 30 / 詳細: KB mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→131.57 Å / Num. obs: 30878 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 663.8 % / Biso Wilson estimate: 33.17 Å2 / CC1/2: 0.99 / R split: 0.1463 / Net I/σ(I): 4.67
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 471 % / Mean I/σ(I) obs: 1.16 / Num. unique obs: 3028 / CC1/2: 0.61 / R split: 0.8409 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementCollection time total: 2.11 hours / Collimation: Kirkpatrick-Baez mirrors / Focal spot size: 5 µm2 / Pulse duration: 20 fsec. / Pulse photon energy: 9.7 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery解説: injector / 手法: injection
Serial crystallography sample delivery injectionCarrier solvent: polyacrylamide / Crystal conc.: 36000000 / 解説: CMD (carrier matrix delivery) injector / Flow rate: 800 µL/min / Injector diameter: 100 µm / Injector nozzle: gas / Injector temperature: 296 K / Jet diameter: 100 µm / Power by: HPLC
Preparation: crystals delivered in polyacrylamide injection matrix at room temperature
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 47865 / Frame hits: 47865 / Frames failed index: 25652 / Frames indexed: 22213 / Frames total: 228304 / Lattices indexed: 22213

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DM9

5dm9


解像度: 1.8→40.124 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2024 855 2.77 %
Rwork0.1727 --
obs0.1735 30866 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2450 0 5 142 2597
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0043425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9131435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056365
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.91280.39541390.30974902X-RAY DIFFRACTION100
1.9128-2.06050.28221400.21364903X-RAY DIFFRACTION100
2.0605-2.26780.20011410.17324929X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.59590.21841410.17454971X-RAY DIFFRACTION100
2.5959-3.27040.18871430.17345017X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-40.13420.18061510.1565289X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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