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万見
- PDB-6ife: A Glycoside Hydrolase Family 43 beta-Xylosidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ife
タイトルA Glycoside Hydrolase Family 43 beta-Xylosidase
要素Beta-xylosidase
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase Family 43 / beta-Xylosidase / Low-temperature Activity / Salt Tolerance
機能・相同性
機能・相同性情報


xylan 1,4-beta-xylosidase / xylan 1,4-beta-xylosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Beta-xylosidase, C-terminal Concanavalin A-like domain / Beta xylosidase C-terminal Concanavalin A-like domain / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Li, N. / Liu, Y. / Zhang, R. / Zhou, J.P. / Huang, Z.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31660445 中国
引用ジャーナル: Food Chem / 年: 2019
タイトル: Biochemical and structural properties of a low-temperature-active glycoside hydrolase family 43 beta-xylosidase: Activity and instability at high neutral salt concentrations.
著者: Zhang, R. / Li, N. / Liu, Y. / Han, X. / Tu, T. / Shen, J. / Xu, S. / Wu, Q. / Zhou, J. / Huang, Z.
履歴
登録2018年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref ...entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct_ref.db_code ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylosidase
B: Beta-xylosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,6697
ポリマ－127,2082
非ポリマー4605
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area37150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.637, 106.135, 105.884
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-xylosidase


分子量: 63604.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: B4107_1875 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8GZZ0, xylan 1,4-beta-xylosidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GB KY391885 Authors state that the Genebank accession number is KY391885 for this sequence.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH=8.5, 30% PEG4000, 0.2 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→89.29 Å / Num. obs: 74733 / % possible obs: 70.5 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/av σ(I): 14.3 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 7222 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YIF

1yif


解像度: 1.804→40.24 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1991 1921 2.67 %
Rwork0.1608 --
obs0.1618 71870 67.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.804→40.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8633 0 30 448 9111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078932
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01912146
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.4755167
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8036-1.84870.29661450.23465343X-RAY DIFFRACTION90
1.9546-2.01770.2681440.19054837X-RAY DIFFRACTION94
2.0177-2.08980.163480.20371969X-RAY DIFFRACTION87
2.0898-2.17350.23811680.19726120X-RAY DIFFRACTION91
2.1735-2.27240.2958740.22562467X-RAY DIFFRACTION75
2.2724-2.39220.21781930.18026990X-RAY DIFFRACTION96
2.3922-2.5420.26332050.18177200X-RAY DIFFRACTION98
2.542-2.73830.21581860.18557063X-RAY DIFFRACTION96
2.7383-3.01370.21251870.18177144X-RAY DIFFRACTION96
3.0137-3.44960.21950.16446926X-RAY DIFFRACTION94
3.4496-4.34530.16891880.12756857X-RAY DIFFRACTION93
4.3453-40.25020.14661880.12987033X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 58.5432 Å / Origin y: -58.1056 Å / Origin z: 110.5125 Å
111213212223313233
T0.0654 Å2-0.009 Å20.0194 Å2-0.1145 Å20.0054 Å2--0.0873 Å2
L0.1392 °20.0328 °20.0765 °2-0.4699 °2-0.0525 °2--0.487 °2
S-0.0007 Å °-0.0268 Å °0.0021 Å °0.0528 Å °0.0063 Å °0.0382 Å °0.0007 Å °-0.0918 Å °0.0036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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