PDB-6if9: Solution-state NMR structure of G57W human gammaS crystallin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6if9

タイトル

Solution-state NMR structure of G57W human gammaS crystallin

要素

Gamma-crystallin S

キーワード

RECOMBINATION / STRUCTURE FROM CYANA 3.97

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Sharma, S. / Bari, K.J. / Chary, K.V.R.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of G57W mutant of human gamma S-crystallin and its involvement in cataract formation.
著者: Bari, K.J. / Sharma, S. / Chary, K.V.R.

履歴

登録	2018年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6if9.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6if9.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6if9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6if9_validation.pdf.gz	473 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6if9_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6if9_validation.xml.gz	310.8 KB	表示
CIF形式データ	6if9_validation.cif.gz	228.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6if9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/6if9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2m3u-d 4id3-d 2jdf-d 5a3m-3 4gcr-d 1prr-d 3r0h-2 3gzm-d 137l-2 2vyt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 36209Solution-state NMR structure of G57W human gammaS crystallin

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Gamma-crystallin S

21.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Gamma-crystallin S / Beta-crystallin S / Gamma-S-crystallin 分子量: 21162.936 Da / 分子数: 1 / 変異: G57W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGS, CRYG8 発現宿主: Escherichia coli BL21-Gold(DE3)pLysS AG (大腸菌) 参照: UniProt: P22914

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	isotropic	1	3D HNCO
1	5	1	isotropic	1	3D C(CO)NH
1	6	1	isotropic	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	isotropic	1	15N-edited NOESY
1	8	1	isotropic	1	13C-edited NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 1.5 mM 13C and/or 15N labeled G57W Human GammaS Crystallin, 95% H2O/5% D2O Label: G57W Human GammaS Crystallin / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料	濃度: 1.5 mM / 構成要素: G57W Human GammaS Crystallin / Isotopic labeling: 13C and/or 15N labeled
試料状態	イオン強度: 25 mM / Label: G57W Human GammaS crystallin / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
Sparky	Goddard	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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