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万見
- PDB-6iex: Crystal structure of HLA-B*4001 in complex with SARS-CoV derived ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iex
タイトルCrystal structure of HLA-B*4001 in complex with SARS-CoV derived peptide N216-225 GETALALLLL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLY-GLU-THR-ALA-LEU-ALA-LEU-LEU-LEU-LEU
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-B*4001 / SARS-CoV / N216-225
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-1-host interactions / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / viral RNA genome packaging / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / antigen processing and presentation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...SARS-CoV-1-host interactions / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / viral RNA genome packaging / Transcription of SARS-CoV-1 sgRNAs / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / SARS-CoV-1 modulates host translation machinery / antigen processing and presentation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / viral capsid / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / T cell differentiation in thymus / protein refolding / host cell Golgi apparatus / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / molecular adaptor activity / learning or memory / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Coronavirus nucleocapsid / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile. / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Coronavirus nucleocapsid / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / MHC class I antigen / Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.314 Å
データ登録者Ji, W. / Niu, L. / Peng, W. / Zhang, Y. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. / Liu, W.J.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Salt bridge-forming residues positioned over viral peptides presented by MHC class I impacts T-cell recognition in a binding-dependent manner.
著者: Ji, W. / Niu, L. / Peng, W. / Zhang, Y. / Cheng, H. / Gao, F. / Shi, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. / Liu, W.J.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: GLY-GLU-THR-ALA-LEU-ALA-LEU-LEU-LEU-LEU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6873
ポリマ－44,6873
非ポリマー00
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.482, 69.274, 120.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31794.154 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: F4NBU6, UniProt: A0A499S0B6*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド GLY-GLU-THR-ALA-LEU-ALA-LEU-LEU-LEU-LEU


分子量: 1013.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) SARS coronavirus (SARS コロナウイルス)
参照: UniProt: P59595*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 6.5 and 18% w-v polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: FILM / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19343 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.314→41.832 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.09
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 985 5.09 %
Rwork0.2108 --
obs0.2133 19343 97.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 30.166 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.5873 Å20 Å2-0 Å2
2--16.2802 Å20 Å2
3----0.6929 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.314→41.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3142 0 0 113 3255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063227
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9174375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8541203
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.314-2.4360.36491340.26242387X-RAY DIFFRACTION91
2.436-2.58860.30741280.2442544X-RAY DIFFRACTION96
2.5886-2.78840.3021310.24012589X-RAY DIFFRACTION97
2.7884-3.06890.35421580.23422626X-RAY DIFFRACTION99
3.0689-3.51280.24661440.21562655X-RAY DIFFRACTION99
3.5128-4.4250.23111340.1832721X-RAY DIFFRACTION100
4.425-41.83930.21421560.1982836X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.68940.0469-0.36670.555-0.08120.4234-0.0150.0526-0.0764-0.02660.0538-0.09560.01560.182800.21760.0043-0.00910.22380.00180.197115.064610.33528.8548
20.53980.4305-0.1230.3539-0.17360.4530.17350.17620.1196-0.0555-0.00090.0413-0.1117-0.233800.28190.03440.02950.30380.08860.367-11.56391.976329.8119
30.1657-0.01590.03730.11280.19090.3491-0.05430.0118-0.0646-0.17970.05250.03790.0832-0.187-00.25080.02650.0050.27860.07730.24225.24962.806433.8358
40.16150.0598-0.01540.0880.02030.0815-0.08810.0207-0.0023-0.1725-0.0299-0.47560.07120.19430.00080.30780.0213-0.00380.38720.10580.449915.49216.814135.8255
50.13750.10570.04630.1058-0.00370.0621-0.00390.1796-0.1911-0.2116-0.03240.02450.1271-0.0020.00180.25240.02270.00780.2790.09190.346510.06446.166725.873
60.0165-0.0382-0.04440.08550.10.1165-0.0021-0.18210.02380.2499-0.00230.1145-0.05490.075600.4383-0.0256-0.04350.3760.06180.33529.96528.275142.1471
70.015-0.0132-0.02130.01160.01860.02930.0762-0.17120.00730.05360.02260.1727-0.1902-0.13200.32630.0168-0.01870.55080.00960.47232.16974.810642.1458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:174)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 175:274)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 1:28)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resseq 29:51)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 52:71)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 72:90)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resseq 91:99)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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