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- PDB-6iew: The crystal structure of the dNxf2 UBA domain in complex with Pan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iew
タイトルThe crystal structure of the dNxf2 UBA domain in complex with Panoramix
要素Fusion protein of Nuclear RNA export factor 2 and Protein panoramix
キーワードPROTEIN BINDING / piRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


piRNA-mediated heterochromatin formation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / piRNA binding / transposable element silencing by heterochromatin formation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / : / RNA polymerase II transcription repressor complex / protein localization to nuclear periphery / chromatin-protein adaptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus ...piRNA-mediated heterochromatin formation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / piRNA binding / transposable element silencing by heterochromatin formation / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / : / RNA polymerase II transcription repressor complex / protein localization to nuclear periphery / chromatin-protein adaptor activity / poly(A)+ mRNA export from nucleus / transcription repressor complex / transcription corepressor activity / single-stranded RNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / UBA-like superfamily ...TAP C-terminal (TAP-C) domain / TAP C-terminal domain / TAP C-terminal (TAP-C) domain profile. / C-terminal domain of vertebrate Tap protein / Nuclear RNA export factor / Nuclear RNA export factor, NTF2 domain / Nuclear transport factor 2, eukaryote / Nuclear transport factor 2 domain profile. / Nuclear transport factor 2 domain / UBA-like superfamily / NTF2-like domain superfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear RNA export factor 2 / Protein panoramix
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Huang, Y. / Cheng, S.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China91640102 中国
National Natural Science Foundation of China31870741 中国
引用ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2019
タイトル: A Pandas complex adapted for piRNA-guided transcriptional silencing and heterochromatin formation.
著者: Zhao, K. / Cheng, S. / Miao, N. / Xu, P. / Lu, X. / Zhang, Y. / Wang, M. / Ouyang, X. / Yuan, X. / Liu, W. / Lu, X. / Zhou, P. / Gu, J. / Zhang, Y. / Qiu, D. / Jin, Z. / Su, C. / Peng, C. / ...著者: Zhao, K. / Cheng, S. / Miao, N. / Xu, P. / Lu, X. / Zhang, Y. / Wang, M. / Ouyang, X. / Yuan, X. / Liu, W. / Lu, X. / Zhou, P. / Gu, J. / Zhang, Y. / Qiu, D. / Jin, Z. / Su, C. / Peng, C. / Wang, J.H. / Dong, M.Q. / Wan, Y. / Ma, J. / Cheng, H. / Huang, Y. / Yu, Y.
履歴
登録2018年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Nuclear RNA export factor 2 and Protein panoramix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3412
ポリマ－10,2491
非ポリマー921
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, In the previous gel filtration experiments, dNxf2-UBA co-migrated with Panx at a 1:1 ratio. In the construct for crystallization, we connected dNxf2-UBA (chain A) and Panx ...根拠: gel filtration, In the previous gel filtration experiments, dNxf2-UBA co-migrated with Panx at a 1:1 ratio. In the construct for crystallization, we connected dNxf2-UBA (chain A) and Panx (chain B) using (Gly-Ser) linker.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.074, 40.925, 83.091
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein of Nuclear RNA export factor 2 and Protein panoramix / Protein silencio


分子量: 10248.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: nxf2, CG4118, Panx, CG9754 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VV73, UniProt: Q9W2H9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris (pH 9.0), 0.2M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 16378 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1469 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ収集
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→29.074 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 15.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1732 1638 10 %
Rwork0.1637 --
obs0.1647 16378 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数714 0 0 216 930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.641011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.001284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4997-1.54390.21231220.1861101X-RAY DIFFRACTION89
1.5439-1.59370.19911290.17271165X-RAY DIFFRACTION97
1.5937-1.65060.1891360.15831220X-RAY DIFFRACTION100
1.6506-1.71670.17181370.15621234X-RAY DIFFRACTION100
1.7167-1.79480.17051360.16311221X-RAY DIFFRACTION100
1.7948-1.88940.20321350.16691213X-RAY DIFFRACTION100
1.8894-2.00780.20041370.16791232X-RAY DIFFRACTION100
2.0078-2.16280.16211370.14821235X-RAY DIFFRACTION100
2.1628-2.38030.1711380.15361245X-RAY DIFFRACTION100
2.3803-2.72460.15641390.1711251X-RAY DIFFRACTION100
2.7246-3.43180.16741420.16491273X-RAY DIFFRACTION100
3.4318-29.07950.16711500.16591350X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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