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- PDB-6ie9: RamR in complex with chenodeoxycholic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ie9
タイトルRamR in complex with chenodeoxycholic acid
要素Regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / TetR Family
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHENODEOXYCHOLIC ACID / Putative regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Nakashima, R. / Sakurai, K. / Yamasaki, S. / Nishino, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the multidrug resistance regulator RamR complexed with bile acids.
著者: Yamasaki, S. / Nakashima, R. / Sakurai, K. / Baucheron, S. / Giraud, E. / Doublet, B. / Cloeckaert, A. / Nishino, K.
履歴
登録2018年9月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5333
ポリマ－22,0441
非ポリマー4892
水63135
1
A: Regulatory protein
ヘテロ分子

A: Regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0666
ポリマ－44,0892
非ポリマー9774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.436, 53.576, 43.837
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.290, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein


分子量: 22044.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain 14028s / SGSC 2262) (サルモネラ菌)
株: 14028s / SGSC 2262 / 遺伝子: STM14_0676 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6AY66
#2: 化合物 ChemComp-JN3 / CHENODEOXYCHOLIC ACID / (3ALPHA,5ALPHA,7BETA,8ALPHA,17ALPHA)-3,7-DIHYDROXYCHOLAN-24-OIC ACID / ケノデオキシコ-ル酸


分子量: 392.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 0.2M Ammonium Sulfate, 20% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→100 Å / Num. obs: 18975 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.155 / Net I/av σ(I): 51.869 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 145509
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.78-1.817.80.3929290.983197.4
1.81-1.847.80.3410.968197.9
1.84-1.887.80.2790.972197.5
1.88-1.927.80.2380.998198.3
1.92-1.967.80.1990.988197.9
1.96-27.80.1610.983198.1
2-2.057.80.1230.964197.9
2.05-2.117.80.10.974198.4
2.11-2.177.80.0840.963198.5
2.17-2.247.80.0750.991198.3
2.24-2.327.70.0630.999199
2.32-2.427.80.0511.011198.6
2.42-2.537.70.0521.161198.9
2.53-2.667.70.0511.418199
2.66-2.837.70.0471.655199.2
2.83-3.047.70.0451.778199.3
3.04-3.357.70.0341.527199.3
3.35-3.837.60.0281.317199.4
3.83-4.837.30.0241.158197.6
4.83-1006.70.0241.312188.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.03 Å32.08 Å
Translation2.03 Å32.08 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VVX

3vvx


解像度: 1.78→32.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.468 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.136
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 969 5.1 %RANDOM
Rwork0.1962 ---
obs0.199 18006 97.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.36 Å2 / Biso mean: 41.74 Å2 / Biso min: 13.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→32.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1462 0 33 36 1531
Biso mean--33.98 41.76 -
残基数----184
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0091.9752103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98233409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8465189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.01522.83874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.35315270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1281516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02371
LS精密化 シェル解像度: 1.783→1.83 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 73 -
Rwork0.212 1314 -
all-1387 -
obs--95.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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