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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ie5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ADCP1 tandem Agenet domain 3-4 | ||||||
要素 | Agenet domain-containing protein | ||||||
キーワード | TRANSLATION / Agenet domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / chromosome, centromeric region / heterochromatin / methylated histone binding / histone reader activity / histone binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019 タイトル: ADCP1-tandem Agenet domain 1-2 in complex wit h H3K9me2 著者: Zhao, S. / Zhang, B. / Li, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ie5.cif.gz | 44.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ie5.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ie5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ie5_validation.pdf.gz | 418.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ie5_full_validation.pdf.gz | 419.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ie5_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ie5_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/6ie5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18166.379 Da / 分子数: 1 / 断片: Agenet domain, UNP residues 201-355 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ADCP1 / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q500V5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2.1M DL-Malic acid pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月10日 / 詳細: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 14873 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 20.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.204 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.211 / Χ2: 0.707 / Net I/σ(I): 3.8 / Num. measured all: 203552 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.298→38.459 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.77 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.47 Å2 / Biso mean: 17.9083 Å2 / Biso min: 2.38 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.298→38.459 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %
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