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万見
- PDB-6ido: Crystal structure of Klebsiella pneumoniae sigma4 of sigmaS fusin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ido
タイトルCrystal structure of Klebsiella pneumoniae sigma4 of sigmaS fusing with the RNA polymerase beta-flap-tip-helix in complex with -35 element DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
  • RNA polymerase sigma factor RpoS,RNA polymerase beta-flap-tip-helix
キーワードTRANSCRIPTION / sigma4 / sigmaS / -35 element DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / response to stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor RpoS / Sigma-70 factors family signature 1. / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA polymerase sigma factor RpoS / RNA polymerase sigma factor RpoS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.748 Å
データ登録者Lou, Y.C. / Chien, C.Y. / Chen, C. / Hsu, C.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Structural basis for -35 element recognition by sigma4chimera proteins and their interactions with PmrA response regulator.
著者: Lou, Y.C. / Chou, C.C. / Yeh, H.H. / Chien, C.Y. / Sadotra, S. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2018年9月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor RpoS,RNA polymerase beta-flap-tip-helix
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*G)-3')
B: RNA polymerase sigma factor RpoS,RNA polymerase beta-flap-tip-helix
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9086
ポリマ－44,9086
非ポリマー00
水00
1
A: RNA polymerase sigma factor RpoS,RNA polymerase beta-flap-tip-helix
C: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4543
ポリマ－22,4543
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
2
B: RNA polymerase sigma factor RpoS,RNA polymerase beta-flap-tip-helix
E: DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4543
ポリマ－22,4543
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.540, 154.540, 144.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoS,RNA polymerase beta-flap-tip-helix / Sigma S


分子量: 12946.672 Da / 分子数: 2 / 変異: T79G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: rpoS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9F8R5, UniProt: P13445*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*GP*C)-3')


分子量: 4640.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 4867.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), and 25% w/v Polyethylene glycol 4,000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.99984 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.748→29.616 Å / Num. obs: 13130 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 55.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 42.909
反射 シェル解像度: 3.748→3.88 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 4.333 / Num. unique obs: 871 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IPL

5ipl


解像度: 3.748→29.616 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 1314 10.01 %
Rwork0.2226 --
obs0.2256 13125 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.748→29.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1340 1230 0 0 2570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042726
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6763919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.8921423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036447
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7481-3.89790.26371070.2733871X-RAY DIFFRACTION52
3.8979-4.07490.3246940.2472923X-RAY DIFFRACTION53
4.0749-4.28910.30211080.259897X-RAY DIFFRACTION53
4.2891-4.55690.3151960.237938X-RAY DIFFRACTION53
4.5569-4.90730.24941480.22851307X-RAY DIFFRACTION77
4.9073-5.39850.26461860.21521715X-RAY DIFFRACTION100
5.3985-6.17350.24481870.21181727X-RAY DIFFRACTION100
6.1735-7.75480.19841940.20781719X-RAY DIFFRACTION100
7.7548-29.61690.22791940.20081714X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.01410.01640.00090.0391-0.01330.0112-0.0148-0.03640.06430.11730.0876-0.0478-0.0277-0.0668-0.00180.20430.26480.07110.24840.32410.387630.1722-15.0215-22.0917
20.00280.0124-0.00280.02390.01250.00620.00910.04340.03680.09770.00890.0183-0.0286-0.1497-0.00080.0930.05770.55320.65490.36460.225721.9198-17.6081-28.6515
30.00370.00590.01070.00270.00490.0485-0.09950.0366-0.02010.0682-0.1466-0.0465-0.16560.0417-0.03120.49850.12610.14710.18840.15820.668930.8703-2.2725-24.1614
40.00230.0278-0.00120.0188-0.01790.02690.16210.15040.0471-0.08640.08910.13910.1246-0.12260.194-0.44450.24930.60860.82250.1587-0.051816.5879-21.6914-40.6998
50.17420.07480.04150.1323-0.03350.01680.2115-0.04710.1757-0.0857-0.1917-0.03920.1576-0.38890.006-0.22040.04550.46180.97430.2140.354319.0569-18.9357-41.0461
60.00440.00090.00080.0039-0.00120.0011-0.0483-0.01920.02010.0036-0.005-0.03080.007-0.1349-0.00010.75210.06460.32680.77080.14350.548730.8902-17.6003-9.6762
70.01480.03170.00780.07050.01770.00630.03490.04910.00950.05160.02480.01390.0269-0.00640.04670.42580.24440.1126-0.03960.02850.107342.5136-17.9683-13.2463
80.001-0.00420.00050.0485-0.0480.05360.08490.01440.04340.03470.1285-0.12090.014-0.03690.09420.48840.22840.10270.2108-0.05550.382547.906-20.6325-17.9569
90.0591-0.08550.10370.1502-0.16340.1980.0933-0.14850.0940.19520.25940.01570.0406-0.14980.30440.72780.25740.11240.0882-0.27520.194840.6968-23.1932-5.6553
100.01780.0576-0.06840.0879-0.08950.15430.1951-0.04630.08210.23240.072-0.2211-0.06840.24330.23220.6770.2113-0.4296-0.0454-0.93160.273460.5682-20.4592-7.1398
110.15940.1593-0.10740.2514-0.02370.16320.2785-0.15250.2260.03850.1258-0.25140.0340.20570.39610.67910.3226-0.27480.1453-0.79790.381758.7171-23.4228-6.9873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 111 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 15 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 1 through 15 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 27 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 38 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 39 through 58 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 59 through 111 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 15 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 1 through 15 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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