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- PDB-6ici: Crystal structure of human MICAL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ici
タイトルCrystal structure of human MICAL3
要素[F-actin]-monooxygenase MICAL3
キーワードFLAVOPROTEIN / Monooxygenase / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / Flemming body / exocytosis / intercellular bridge / cytoskeleton organization / FAD binding / cell projection ...F-actin monooxygenase / F-actin monooxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / actin filament depolymerization / Flemming body / exocytosis / intercellular bridge / cytoskeleton organization / FAD binding / cell projection / spindle / actin binding / cell cortex / molecular adaptor activity / cell division / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. ...bMERB domain / Bivalent Mical/EHBP Rab binding domain / bMERB domain profile. / DUF3585 / : / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / FAD-binding domain / FAD binding domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / [F-actin]-monooxygenase MICAL3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hwang, K.Y. / Kim, J.S.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Structural and kinetic insights into flavin-containing monooxygenase and calponin-homology domains in human MICAL3.
著者: Kim, J. / Lee, H. / Roh, Y.J. / Kim, H.U. / Shin, D. / Kim, S. / Son, J. / Lee, A. / Kim, M. / Park, J. / Hwang, S.Y. / Kim, K. / Lee, Y.K. / Jung, H.S. / Hwang, K.Y. / Lee, B.C.
履歴
登録2018年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [F-actin]-monooxygenase MICAL3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1382
ポリマ－83,3531
非ポリマー7861
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area26470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.211, 93.466, 71.568
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.366, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 [F-actin]-monooxygenase MICAL3 / Molecule interacting with CasL protein 3 / MICAL-3


分子量: 83352.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MICAL3, KIAA0819, KIAA1364 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7RTP6, F-actin monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bicine-NaOH pH 9.2, 7% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.2 Å / Num. obs: 38165 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.85 % / Biso Wilson estimate: 36.06 Å2 / Rsym value: 0.143 / Net I/σ(I): 16.89
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique obs: 5163 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4txi

4txi


解像度: 2.3→47.2 Å / SU ML: 0.2347 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.4018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2144 1221 3.2 %
Rwork0.1721 --
obs0.1735 38112 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4669 0 53 273 4995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00874828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96736535
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565718
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.98091765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.390.23811380.18624074X-RAY DIFFRACTION99.86
2.39-2.50.3021360.18874097X-RAY DIFFRACTION99.88
2.5-2.630.26811330.19014075X-RAY DIFFRACTION99.79
2.63-2.80.23761320.19034090X-RAY DIFFRACTION99.86
2.8-3.010.23151340.18534112X-RAY DIFFRACTION99.91
3.01-3.320.24271310.18214072X-RAY DIFFRACTION99.88
3.32-3.80.21491370.16854138X-RAY DIFFRACTION99.81
3.8-4.780.16891380.14654092X-RAY DIFFRACTION99.83
4.78-47.20.20211420.1734141X-RAY DIFFRACTION98.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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