PDB-6iav: CO-AZURIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA TREATED WITH HYDROSULFIDE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iav

タイトル

CO-AZURIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA TREATED WITH HYDROSULFIDE

要素

Azurin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / COBALT PROTEIN / HYDROSULFIDE SENSOR

機能・相同性

機能・相同性情報

transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Kohlhause, D.

引用

ジャーナル: Eur J Inorg Chem / 年: 2019
タイトル: Azurin and HS-: towards implementation of a sensor for HS- detection.
著者: Strianese, M. / Palm, G.J. / Kohlhause, D. / Ndamba, L.A. / Tabares, L.C. / Pellecchia, C.

履歴

登録	2018年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iav.cif.gz	211.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iav.ent.gz	170.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iav.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6iav_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6iav_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	6iav_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	6iav_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/6iav	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gyiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5i26-1 5i28-14 3jtb-2 5i28-16 1jzj-2 1xb3-2 2hx8-1 4kob-4 1xb6-1 2ghz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Azurin

B: Azurin

C: Azurin

D: Azurin

ヘテロ分子

55.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Azurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Azurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Azurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Azurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.429, 59.950, 82.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 128 / Label seq-ID: 1 - 127

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Azurin 分子量: 13890.722 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 % / 解説: TRAPEZOIDAL PLATES
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG 4000, 100 MM TRIS PH 7.5, 200 MM CACL2, 10 MM NA2S. CRYOPROTECTANT: 10% PEG 4000, 20% PEG 400, 100 MM TRIS PH 7.5, 200 MM CACL2, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.6039 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日 / 詳細: Si111
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.6039 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50.48 Å / Num. obs: 31819 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.9 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2242 / R_sym value: 0.464 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GYI

6gyi

解像度: 2→50.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 26.746 / SU ML: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30955	1563	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2496	-	-	-
obs	0.25264	30604	96.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.81 Å²	-0 Å²	-1.9 Å²
2-	-	4.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→50.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3845	0	7	29	3881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.013	3961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3591
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.737	1.635	5357
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.575	1.585	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.192	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.087	26	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.653	15	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.355	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	528
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	4425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	724
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.08	2.367	2042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.076	2.364	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.689	3.53	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.69	3.533	2550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.353	2.552	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.352	2.554	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.984	3.706	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.95	27.303	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.953	27.319	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	3855	0.11
1	2	B	3855	0.11
2	1	A	3911	0.09
2	2	C	3911	0.09
3	1	A	3861	0.12
3	2	D	3861	0.12
4	1	B	3843	0.1
4	2	C	3843	0.1
5	1	B	3839	0.12
5	2	D	3839	0.12
6	1	C	3867	0.1
6	2	D	3867	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.452	120	-
R_work	0.425	2152	-
obs	-	-	93.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9929	-0.8261	-1.2063	2.5243	1.4828	6.688	0.2947	-0.2913	0.0092	-0.4686	0.1379	-0.1282	-0.6028	0.2366	-0.4327	0.1916	-0.07	0.1679	0.0424	-0.0704	0.3786	-4.017	31.735	80.089
2	1.9052	-0.8164	0.1332	7.1967	-1.9801	3.0094	0.6032	0.6178	-0.162	0.3587	-0.8021	0.6125	0.0101	0.5753	0.1988	0.2742	0.1264	0.0945	0.3877	-0.1927	0.4275	13.857	30.545	54.495
3	2.701	0.1255	0.3839	2.1588	0.4816	8.7706	0.1584	-0.4839	0.0397	-0.0378	0.1601	-0.1359	0.4726	-0.0917	-0.3185	0.0477	-0.0366	0.014	0.1244	-0.0936	0.3232	21.177	27.189	95.379
4	4.3301	0.0872	4.5826	2.8737	0.5541	11.9876	0.2452	-0.0476	-0.4326	-0.3056	0.0955	-0.0246	0.0391	0.2479	-0.3407	0.0732	-0.0141	0.049	0.0166	0.029	0.3029	-11.101	27.617	38.824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 130
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 130

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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