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- PDB-6iah: Phosphatase Tt82 from Thermococcus thioreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iah
タイトルPhosphatase Tt82 from Thermococcus thioreducens
要素Hydrolase
キーワードHYDROLASE / HAD superfamily / hypothetical phosphatase / docking / phosphatase assay
機能・相同性haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-like superfamily / hydrolase activity / metal ion binding / Hydrolase
機能・相同性情報
生物種Thermococcus thioreducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Havlickova, P. / Brinsa, V. / Brynda, J. / Pachl, P. / Prudnikova, T. / Mesters, J.R. / Kascakova, B. / Kuty, M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D. ...Havlickova, P. / Brinsa, V. / Brynda, J. / Pachl, P. / Prudnikova, T. / Mesters, J.R. / Kascakova, B. / Kuty, M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D. / Rezacova, P. / Smatanova, I.K.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic17-24321S チェコ
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: A novel structurally characterized haloacid dehalogenase superfamily phosphatase from Thermococcus thioreducens with diverse substrate specificity.
著者: Havlickova, P. / Brinsa, V. / Brynda, J. / Pachl, P. / Prudnikova, T. / Mesters, J.R. / Kascakova, B. / Kuty, M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D. / Rezacova, P. / Smatanova, I.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2019
タイトル: A novel structurally characterized haloacid dehalogenase superfamily phosphatase from Thermococcus thioreducens with diverse substrate specificity
著者: Brynda, J. / Smatanova, I.K. / Pachl, P. / Prudnikova, T. / Masters, R.J. / Havlickova, P. / Kascakova, B. / Brinsa, V. / Kuty, M. / Pusey, M.L. / Ng, J.D. / Rezacova, P.M.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation.journal_id_ISSN / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,13611
ポリマ－27,8151
非ポリマー32110
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.330, 117.000, 33.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Hydrolase / Phosphoglycolate phosphatase / HAD superfamily


分子量: 27814.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus thioreducens (古細菌)
遺伝子: A3L14_07460, AMR53_08235, SAMN05216170_0457 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q2QQ54
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 25% w/v Polyethyleneglycol 3350, 0.1 M Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→43.87 Å / Num. obs: 27374 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.185 % / Biso Wilson estimate: 29.416 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 18.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.87.1340.4733.6319970.9640.5199.7
1.8-1.846.6510.3784.2719050.9760.4199.6
1.84-1.97.2670.3095.4918960.9850.33399.9
1.9-1.967.5540.2536.8718500.990.27299.9
1.96-2.027.4920.1968.517670.9930.211100
2.02-2.097.4690.16110.3317200.9950.173100
2.09-2.177.4310.13312.2616650.9950.14399.9
2.17-2.267.2390.11813.4116180.9960.127100
2.26-2.366.6420.09715.2115400.9970.10599.9
2.36-2.477.3830.08318.1114840.9980.089100
2.47-2.617.5730.07320.4214120.9980.07899.9
2.61-2.777.5670.06224.2713510.9990.06799.9
2.77-2.967.3790.05527.7512500.9990.0699.9
2.96-3.27.1140.04731.7611840.9990.05100
3.2-3.56.2650.03835.6911020.9990.041100
3.5-3.917.3550.03243.779980.9990.035100
3.91-4.527.2730.03147.988880.9990.03499.9
4.52-5.536.9050.03146.337770.9990.034100
5.53-7.836.1590.033435990.9990.03799.7
7.83-43.876.3050.0349.563710.9980.03398.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
ArcimboldoLITE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Generic Helix

解像度: 1.75→43.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.682 / SU ML: 0.133 / SU R Cruickshank DPI: 0.1228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.12
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 1340 4.9 %RANDOM
Rwork0.1854 ---
obs0.1874 26033 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.67 Å2 / Biso mean: 31.558 Å2 / Biso min: 16.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.32 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.88 Å20 Å2
3---6.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→43.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1967 0 10 231 2208
Biso mean--40.92 41.64 -
残基数----240
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0192137
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6691.962893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97234647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9475264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02623.017116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.53715378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7821523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02534
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.796 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 97 -
Rwork0.34 1898 -
all-1995 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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