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- PDB-6i9q: Structure of the mouse CD98 heavy chain ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9q
タイトルStructure of the mouse CD98 heavy chain ectodomain
要素4F2 cell-surface antigen heavy chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CD98hc / 4F2hc / amino acid transport / CD98 light chain / LAT-1 / LAT-2 / integrin beta subunit binding / single-pass type II membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Amino acid transport across the plasma membrane / Tryptophan catabolism / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport ...: / Amino acid transport across the plasma membrane / Tryptophan catabolism / apical pole of neuron / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / phenylalanine transport / L-leucine transmembrane transporter activity / L-leucine transport / neutral amino acid transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / anchoring junction / response to exogenous dsRNA / tryptophan transport / basal plasma membrane / double-stranded RNA binding / melanosome / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / neuronal cell body / synapse / cell surface / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4F2 cell-surface antigen heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schiefner, A. / Deuschle, F.-C. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Structural differences between the ectodomains of murine and human CD98hc.
著者: Deuschle, F.C. / Schiefner, A. / Skerra, A.
履歴
登録2018年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5264
ポリマ－48,3671
非ポリマー1603
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.384, 97.384, 218.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-850-

HOH

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要素

#1: タンパク質 4F2 cell-surface antigen heavy chain / 4F2hc / Solute carrier family 3 member 2


分子量: 48366.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc3a2, Mdu1 / プラスミド: pASK-IBA5+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10852
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 % / 解説: thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 24 % (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-tris propane/HCl, 0.2 M sodium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射モノクロメーター: KMC-2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→34.45 Å / Num. obs: 31196 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.556 % / Biso Wilson estimate: 42.827 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.008 / Net I/σ(I): 21.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.1-2.228.0811.4532.8239840.8111.4899.9
2.2-2.327.88814.1233440.8991.018100
2.3-2.527.4390.6386.4951710.9620.65100
2.5-325.3570.28513.3177330.9930.29100
3-3.527.7330.11730.7539690.9990.119100
3.5-426.3920.07346.83223910.075100
4-623.7030.05555.8327110.05699.9
6-827.5510.04762.5483610.048100
8-1025.7120.03870.7630610.039100
10-34.4522.5480.03669.0434310.03796.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DH2

2dh2


解像度: 2.1→34.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.404 / SU ML: 0.115 / SU R Cruickshank DPI: 0.1786 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.161
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 1505 4.8 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.1771 29690 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.23 Å2 / Biso mean: 39.43 Å2 / Biso min: 19.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→34.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 9 199 3529
Biso mean--42.39 44.39 -
残基数----422
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0143419
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.6444639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9511.6357241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1775425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.38522.898176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.60615586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9721520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02621
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 111 -
Rwork0.269 2159 -
all-2270 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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