[日本語] English
万見
- PDB-6i9f: Solution structure of As-p18 reveals that nematode fatty acid bin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9f
タイトルSolution structure of As-p18 reveals that nematode fatty acid binding proteins exhibit unusual structural features
要素Fatty acid-binding protein homolog
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / FABP / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty acid-binding protein homologue 1/2/3/4 / Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Fatty acid-binding protein homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ibanez Shimabukuro, M. / Rey Burusco, M.F. / Kennedy, M.W. / Corsico, B. / Smith, B.O.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust083625 英国
引用
ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2019
タイトル: As-p18, an extracellular fatty acid binding protein of nematodes, exhibits unusual structural features.
著者: Ibanez-Shimabukuro, M. / Rey-Burusco, M.F. / Gabrielsen, M. / Franchini, G.R. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Roe, A.J. / Griffiths, K. / Cooper, A. / Corsico, B. / Kennedy, M.W. / Smith, B.O.
#1: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2014
タイトル: Resonance assignment of As-p18, a fatty acid binding protein secreted by developing larvae of the parasitic nematode Ascaris suum.
著者: Ibanez-Shimabukuro, M. / Rey-Burusco, M.F. / Cooper, A. / Kennedy, M.W. / Corsico, B. / Smith, B.O.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6292
ポリマ－18,3471
非ポリマー2821
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, Stoichiometry from fluorescent ligand displacement titration, Stoichiometry from NMR chemical shift perturbation titration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area770 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein homolog / AS-P18


分子量: 18346.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Signal peptide omitted. His-tagged / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55776
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic13D 1H-13C NOESY
323isotropic1niceF2filtNOE
333isotropic1F1filtCdec
344isotropic13D 1H-13C NOESY
353isotropic1D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] rAs-p18, 95% H2O/5% D2OpH 7.4 298KNC_noHPLC_Asp1895% H2O/5% D2O
solution20.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] rAs-p18, 95% H2O/5% D2OpH 7.2 298KNC005Asp1895% H2O/5% D2O
solution30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] rAs-p18, 2 mM sodium oleate, 95% H2O/5% D2OpH 7.4 298KAsp1895% H2O/5% D2O
solution40.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] rAs-p18, 2 mM sodium oleate, 95% H2O/5% D2OpH 7.4 298KAsp18+FullLabeledOLA95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMrAs-p18[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.4 mMrAs-p18[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.5 mMrAs-p18[U-99% 13C; U-99% 15N]3
2 mMsodium oleatenatural abundance3
0.5 mMrAs-p18[U-99% 13C; U-99% 15N]4
2 mMsodium oleatenatural abundance4
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
160 mMCondSet67.4 Not defined1 atm298 K
220 mMAsp18NC0057.2 Not defined1 atm298 K
320 mMAsp18_17.4 Not defined1 atm298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA2.3.1Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4CCPNデータ解析
AzaraBoucher解析
DANGLE1.1Broadhurstデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr Entry Completion Interface2.1CCPN & PDBEデータ解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing7
simulated annealing1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る