PDB-6i8b: Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor VinSpinIn

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i8b

タイトル

Crystal structure of Spindlin1 in complex with the inhibitor VinSpinIn

要素

Spindlin-1

キーワード

CELL CYCLE / Epigenetics / Tudor domain / Methyl-Lysine / methyl-Arginine

機能・相同性

機能・相同性情報

gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Johansson, C. / Fagan, V. / Brennan, P.E. / Sorrell, F.J. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: A Chemical Probe for Tudor Domain Protein Spindlin1 to Investigate Chromatin Function.
著者: Fagan, V. / Johansson, C. / Gileadi, C. / Monteiro, O. / Dunford, J.E. / Nibhani, R. / Philpott, M. / Malzahn, J. / Wells, G. / Faram, R. / Cribbs, A.P. / Halidi, N. / Li, F. / Chau, I. / ...

履歴

登録	2018年11月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年12月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/6i8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/6i8b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6i8lC 6i8yC 4mzgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i8l-d 6qpl-d 5ctw-2 5d6p-2 4p2f-d 3ney-6 3l86-d 3som-2 5ls3-1 5d7d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Spindlin-1

E: Spindlin-1

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Spindlin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Spindlin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.875, 118.583, 43.808
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BE

#1: タンパク質	Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1 分子量: 25499.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y657

-
非ポリマー , 5種, 111分子

#2: 化合物	ChemComp-H7T / 2-[4-[2-[[2-[3-[2-azanyl-5-(cyclopropylmethoxy)-3,3-dimethyl-indol-6-yl]oxypropyl]-1,3-dihydroisoindol-5-yl]oxy]ethyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-1-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]ethanone 分子量: 738.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₈N₈O₄
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 55% MPD and 0.1 M SPG buffer pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→41.093 Å / Num. obs: 58414 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 24.64 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 6.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.76-1.85	5.2	1.608	8373	0.423	0.762	1.786	99.5
5.56-41.09	4.7	0.055	2015	0.998	0.025	0.06	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.87 Å	41.09 Å
Translation	4.87 Å	41.09 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER	2.8.0	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MZG

4mzg

解像度: 1.76→41.093 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2544	2843	4.88 %
R_work	0.233	-	-
obs	0.2341	58314	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.87 Å² / B_iso mean: 37.8367 Å² / B_iso min: 15.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.76→41.093 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3039	0	295	101	3435
B_iso mean	-	-	50.09	33.57	-
残基数	-	-	-	-	387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3271
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.721	4442
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	472
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.272	1938

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7598-1.7901	0.4098	143	0.3972	2664	2807	99
1.7901-1.8227	0.3793	144	0.3715	2786	2930	99
1.8227-1.8578	0.4028	126	0.3475	2704	2830	99
1.8578-1.8957	0.3336	133	0.333	2762	2895	99
1.8957-1.9369	0.3238	129	0.3245	2738	2867	100
1.9369-1.982	0.3417	165	0.2991	2727	2892	99
1.982-2.0315	0.2922	120	0.2743	2764	2884	100
2.0315-2.0864	0.2979	133	0.2575	2780	2913	100
2.0864-2.1478	0.2966	156	0.2448	2726	2882	100
2.1478-2.2172	0.2959	114	0.2401	2794	2908	100
2.2172-2.2964	0.234	132	0.2342	2786	2918	100
2.2964-2.3883	0.2617	160	0.2345	2731	2891	100
2.3883-2.497	0.2108	145	0.2351	2763	2908	100
2.497-2.6286	0.2707	123	0.2342	2807	2930	99
2.6286-2.7933	0.2916	166	0.2391	2758	2924	99
2.7933-3.0089	0.2579	138	0.2265	2790	2928	99
3.0089-3.3116	0.2423	137	0.2243	2807	2944	99
3.3116-3.7905	0.241	158	0.2022	2789	2947	99
3.7905-4.7745	0.1573	161	0.1763	2831	2992	99
4.7745-41.1047	0.2781	160	0.228	2964	3124	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6093	4.8423	-1.7028	5.8326	-1.3131	4.825	0.086	-0.3009	0.1628	0.4204	-0.2949	0.0941	-0.0417	-0.1177	0.0964	0.3018	0.0255	-0.0142	0.1715	-0.0085	0.2973	25.3021	10.5213	51.7529
2	2.4562	0.0636	0.9286	3.5357	0.6078	3.247	-0.0054	-0.0607	-0.0267	0.1653	-0.039	0.0596	-0.1221	-0.1707	0.0464	0.2459	0.0506	0.0038	0.1452	-0.0037	0.1943	24.1421	18.2988	49.7549
3	8.6743	-0.8459	2.4182	6.2775	0.1588	4.2767	-0.3336	-0.4331	0.2367	0.7966	0.2482	0.0989	-0.1821	-0.3722	0.0047	0.3234	-0.0104	0.0428	0.2372	0.0368	0.2092	21.5042	11.0558	58.1868
4	2.9812	-1.59	0.426	3.6226	-0.6273	2.1089	-0.0109	0.5545	0.3294	-0.0151	-0.3073	-0.5075	-0.5427	0.2533	0.2333	0.4015	-0.0884	0.0344	0.2822	0.0307	0.2898	33.5874	23.7347	40.2788
5	6.0445	-1.0268	0.8751	3.1029	-1.0952	4.5706	-0.0306	0.4481	-0.0563	-0.3459	-0.0757	-0.052	-0.3898	-0.1713	0.0704	0.376	0.1177	0.0132	0.2374	-0.0183	0.2012	19.3934	27.1579	34.9213
6	2.8034	-0.0818	-1.0948	1.7261	0.0929	5.1131	-0.0646	0.3007	0.1181	-0.2709	0.1418	-0.219	-0.0054	0.3381	-0.0412	0.2769	0.0726	-0.008	0.2507	0.0383	0.2747	23.265	30.3397	34.7451
7	2.359	-1.1571	-0.4055	2.158	0.0011	2.7755	-0.0443	-0.0425	0.046	0.1658	0.0487	0.1009	-0.2273	-0.2671	-0.0387	0.3448	0.1015	-0.009	0.2558	0.0081	0.2396	12.6242	31.977	52.2524
8	4.3352	-4.2054	0.1183	8.3707	-0.5727	3.5963	-0.2786	-0.4437	0.0209	0.1237	0.2607	0.172	-0.1522	0.0286	0.0114	0.2579	-0.0405	0.0008	0.1653	-0.0032	0.1588	39.3246	3.3979	61.4775
9	2.7989	-0.0848	-0.3582	0.4511	-0.7068	2.4345	-0.129	0.0859	-0.2093	0.151	-0.0196	-0.1693	0.1654	0.0168	0.1374	0.2367	-0.0748	-0.019	0.2069	-0.0033	0.2509	47.5179	2.7907	59.9357
10	6.554	-2.2827	1.385	5.5493	-2.9147	5.9801	0.3699	0.5157	-0.0754	-0.3863	-0.0833	0.1264	-0.323	0.325	-0.1623	0.4522	-0.1791	-0.0149	0.331	-0.0277	0.2124	53.6627	12.5142	41.1838
11	0.1942	0.9538	-0.0169	3.0813	1.1393	4.7947	-0.1074	0.077	-0.1598	-0.2348	0.1852	-0.0452	0.1385	0.3455	0.0259	0.2676	-0.0606	0.02	0.2791	-0.017	0.2714	56.2964	6.345	48.2476
12	4.5033	1.7547	0.864	4.0924	2.0468	5.1694	-0.1134	-0.0262	0.2539	0.2952	0.1405	0.0137	0.4386	-0.175	-0.0517	0.2416	-0.0787	-0.0145	0.251	0.0333	0.2057	58.923	14.9869	64.4738
13	3.6192	3.2239	1.7244	2.5526	1.5853	2.8594	-0.0943	0.0682	0.2556	0.0139	0.1253	0.104	-0.4832	0.221	0.0963	0.3385	-0.0846	-0.0118	0.2036	0.0041	0.2401	58.4371	18.8472	62.1988
14	1.9999	2	2.0002	2.0004	1.9993	1.9999	-7.3758	-6.2212	8.0064	5.7804	0.112	-2.5829	-7.8029	-1.5704	7.2277	0.9762	0.6011	-0.5994	-0.052	0.509	0.8904	13.8157	35.0894	40.8389
15	2.0004	1.9998	1.9999	2.0005	0.4672	1.9999	-4.8694	10.0263	-2.9374	-12.6452	0.7779	3.3095	-5.4687	4.9099	4.0639	1.0663	0.031	0.0579	0.5959	-0.2999	0.5971	61.7298	16.0757	50.7033

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 50 through 69 )	B	50 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 70 through 101 )	B	70 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 102 through 111 )	B	102 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 112 through 135 )	B	112 - 135
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 136 through 176 )	B	136 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 177 through 216 )	B	177 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 217 through 269 )	B	217 - 269
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'E' and (resid 52 through 79 )	E	52 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 80 through 135 )	E	80 - 135
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 136 through 158 )	E	136 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 159 through 216 )	E	159 - 216
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 217 through 247 )	E	217 - 247
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 248 through 269 )	E	248 - 269
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 306 through 306 )	B	306
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 304 through 304 )	E	304

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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