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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i89
タイトルCrystal structure of Antirestriction ArdC protein from R388 plasmid. Metal-free structure.
要素ArdC protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / DNA binding protein Metalloprotease Antirestriction
機能・相同性N-terminal domain of anti-restriction factor ArdC / Antirestriction, ArdC / Polyvalent protein, metallopeptidase domain / N-terminal domain of anti-restriction factor ArdC / Zincin-like metallopeptidase / single-stranded DNA binding / metal ion binding / ArdC protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gonzalez-Montes, L. / Moncalian, G.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-55534-C2-2-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesFPU014/0601 スペイン
引用ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2020
タイトル: ArdC, a ssDNA-binding protein with a metalloprotease domain, overpasses the recipient hsdRMS restriction system broadening conjugation host range.
著者: Gonzalez-Montes, L. / Del Campo, I. / Garcillan-Barcia, M.P. / de la Cruz, F. / Moncalian, G.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ArdC protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4823
ポリマ－33,2451
非ポリマー2362
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.798, 136.798, 51.701
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Space group name HallR3

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要素

#1: タンパク質 ArdC protein


分子量: 33245.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ardC / プラスミド: pET29C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I6B2
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 % / 解説: Triangular empty prism
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0,1 M HEPES pH 7,5; 10% w/v Polyethylene glycol 6,000 and 5% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol. Cryoprotected with 20% 2-methyl-2 4-pentanediol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.99989 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→68.4 Å / Num. obs: 24347 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31.87 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 3505 / CC1/2: 0.889 / Rrim(I) all: 0.373 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→68.4 Å / SU ML: 0.2118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.3625
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 1230 5.05 %
Rwork0.1717 --
obs0.173 24340 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→68.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 16 207 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00732258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84373056
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.34931327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.080.24331220.21382552X-RAY DIFFRACTION98.64
2.08-2.170.23541330.19152592X-RAY DIFFRACTION99.93
2.17-2.290.24411650.18692520X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.430.22561490.18862579X-RAY DIFFRACTION99.96
2.43-2.620.23421470.18752570X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.880.23751450.18412552X-RAY DIFFRACTION99.93
2.88-3.30.16791320.18042568X-RAY DIFFRACTION100
3.3-4.160.18951130.15262594X-RAY DIFFRACTION100
4.16-68.440.16271240.15842583X-RAY DIFFRACTION99.85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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