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- PDB-6i80: Crystal Structure of the second bromodomain of BRD2 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i80
タイトルCrystal Structure of the second bromodomain of BRD2 in complex with RT53
要素Bromodomain-containing protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / BET / Bromodomain / RT53 / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H7B / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å
データ登録者Picaud, S. / Traquete, R. / Bernardes, G.J.L. / Newman, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Filippakopoulos, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the second bromodomain of BRD2 in complex with RT53
著者: Picaud, S. / Traquete, R. / Bernardes, G.J.L. / Newman, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Filippakopoulos, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0545
ポリマ－25,9782
非ポリマー1,0763
水6,287349
1
A: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5583
ポリマ－12,9891
非ポリマー5692
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4962
ポリマ－12,9891
非ポリマー5071
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.409, 66.720, 129.613
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 12988.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-H7B / 2-[(4~{S})-6-(4-chlorophenyl)-8-methoxy-1-methyl-4~{H}-[1,2,4]triazolo[4,3-a][1,4]benzodiazepin-4-yl]-1-[4-(dimethylamino)piperidin-1-yl]ethanone


分子量: 507.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% PEG1000 0.1M MMT pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.138→29.661 Å / Num. all: 101581 / Num. obs: 101581 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.6 % / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.047 / Rsym value: 0.043 / Net I/av σ(I): 7.9 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 570519
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.14-1.23.50.4351.8142710.2640.5110.43596.9
1.2-1.274.30.3352.3139700.1830.3830.335100
1.27-1.365.30.2323.3131960.1110.2580.232100
1.36-1.476.40.1634.6122480.070.1780.163100
1.47-1.616.60.1057113350.0440.1140.105100
1.61-1.86.60.07110102580.030.0770.071100
1.8-2.086.50.0513.490920.0210.0550.05100
2.08-2.556.60.03916.977260.0160.0420.03999.9
2.55-3.66.30.03218.560380.0140.0350.03299.9
3.6-29.6616.20.02918.234470.0120.0310.02999.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å29.66 Å
Translation3.5 Å29.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ONI

3oni


解像度: 1.14→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 0.883 / SU ML: 0.019 / SU R Cruickshank DPI: 0.0256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.025
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.143 2019 2 %RANDOM
Rwork0.1309 ---
obs0.1312 99362 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.89 Å2 / Biso mean: 16.716 Å2 / Biso min: 7.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.14→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1797 0 76 349 2222
Biso mean--14.86 29.79 -
残基数----220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192012
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7571.9742734
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9942.9624207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9075233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.56123.235102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.30715341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9741514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212195
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.94431929
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.2595234
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.0551943
LS精密化 シェル解像度: 1.14→1.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 153 -
Rwork0.217 7154 -
all-7307 -
obs--97.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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