PDB-6i73: Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i73

タイトル

Structure of Fragaria ananassa O-methyltransferase in complex with S-adenosylhomocysteine and protocatechuic aldehyde

要素

O-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / fruit ripening / strawberry / volatiles / O-methyltransferase / SAM / SAH / caffeic acid / ferulic acid / protocatechuic aldehyde / vanillin / furaneol / furaneol methyl ether

機能・相同性

機能・相同性情報

caffeate O-methyltransferase / lignin biosynthetic process / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / methylation / protein dimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Fragaria ananassa (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Heldner, A. / Schiefner, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights into enzymatic formation of the strawberry flavor compound 2,5-dimethyl-4-methoxy-3(2H)-furanone
著者: Heldner, A. / Schiefner, A.

履歴

登録	2018年11月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i73.cif.gz	342 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i73.ent.gz	274.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i73.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i73_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i73_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6i73_validation.xml.gz	38 KB	表示
CIF形式データ	6i73_validation.cif.gz	60.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/6i73	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i70C 6i71C 6i72C 1kywS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tky-2 5cvu-2 6yjw-d 3reo-1 3tky-1 3p9i-2 6i6n-d 5cvj-1 5cvv-d 5cvu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: O-methyltransferase

B: O-methyltransferase

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.376, 87.655, 146.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	O-methyltransferase 分子量: 39718.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fragaria ananassa (植物) / 遺伝子: omt1 / プラスミド: pASK75 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M602

-
非ポリマー , 5種, 1007分子

#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-H6N / Protocatechuic aldehyde / 3,4-ジヒドロキシベンズアルデヒド分子量: 138.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 997 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.25 % / 解説: bipyramidal
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.4-0.6 M Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium malonate PH範囲: 5.5-6.25

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月23日

放射

モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8943 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→29.31 Å / Num. obs: 187792 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.82 % / B_iso Wilson estimate: 18.926 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 1.11 / Net I/σ(I): 15.37

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.35-1.45	7.373	0.882	2.15	35880	0.691	0.95	99.9
1.45-1.6	9.272	0.491	4.78	38437	0.935	0.52	100
1.6-1.8	9.326	0.255	9.18	33426	0.981	0.271	100
1.8-2	9.291	0.14	16.26	21430	0.993	0.148	100
2-2.5	9.126	0.08	26.58	28268	0.997	0.085	100
2.5-3	8.985	0.056	34.79	12607	0.998	0.06	100
3-4	8.76	0.041	42.59	10109	0.999	0.044	100
4-6	8.72	0.034	46.12	5303	0.999	0.036	100
6-8	8.592	0.032	45.82	1330	0.999	0.034	100
8-10	8.346	0.03	47.85	486	0.999	0.032	100
10-29.31	5.934	0.03	39.98	516	0.999	0.033	93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KYW

1kyw

解像度: 1.35→29.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.492 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.039
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.148	3764	2 %	RANDOM
R_work	0.1217	-	-	-
obs	0.1222	184027	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.35 Å² / B_iso mean: 15.123 Å² / B_iso min: 6.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.35→29.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5398	0	103	1014	6515
B_iso mean	-	-	14.79	27.41	-
残基数	-	-	-	-	706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.014	5949
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.678	1.666	8095
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.136	1.652	12994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.277	5	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.276	23.934	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.698	15	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.998	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.244	3	11490
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	19.522	5	635
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.391	5	11722

LS精密化シェル

解像度: 1.35→1.385 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	297	-
R_work	0.269	13435	-
all	-	13732	-
obs	-	-	99.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4408	-0.0923	0.0675	0.8155	-0.3844	0.658	-0.0126	-0.0082	-0.0489	-0.0389	0.0355	0.0528	0.0514	-0.0319	-0.023	0.005	-0.0024	-0.0006	0.0499	-0.004	0.0086	-2.2327	-34.4163	18.053
2	2.358	0.8671	-0.9734	1.6193	-0.5235	2.4243	-0.0155	-0.0335	0.0508	0.0329	0.0005	0.1809	-0.0748	-0.241	0.015	0.0221	0.0266	-0.0101	0.0855	-0.0031	0.0372	-21.7631	-12.3252	8.963
3	0.9222	-0.1349	0.4304	0.5119	-0.1141	1.0206	-0.0124	-0.0459	0.1178	0.0282	-0.0014	0.0099	-0.1554	-0.0628	0.0139	0.0368	0.0113	0.0029	0.0358	-0.0087	0.0203	-7.9138	-8.0517	17.9327
4	2.1253	1.3733	-0.356	3.86	-1.0448	1.8912	0.0211	-0.1342	0.2588	0.2792	0.0254	0.2521	-0.3015	-0.176	-0.0465	0.1118	0.0403	0.0018	0.0805	-0.0295	0.0546	-14.5569	-2.2117	22.7216
5	0.5379	-0.3555	-0.1816	0.7562	0.1559	0.435	-0.0272	-0.085	0.0401	0.0523	0.0246	-0.0906	-0.0214	0.0703	0.0026	0.0089	-0.0124	-0.0091	0.0704	0.0049	0.0125	15.4502	-26.6006	24.7802
6	2.6602	0.9106	2.5985	2.2695	2.0362	8.2403	-0.0339	0.0083	-0.0331	0.0089	0.0188	-0.3124	-0.1666	0.3371	0.0151	0.0094	0.0085	0.0027	0.1305	0.0242	0.1155	36.1345	-43.6228	25.0976
7	1.6891	-0.3317	-0.2027	0.628	0.0639	0.8025	-0.0216	-0.1244	-0.1852	0.0572	-0.0133	-0.0461	0.1146	0.1289	0.0349	0.0353	0.0159	0.0062	0.07	0.0358	0.0486	20.9398	-50.281	26.7587
8	4.5906	0.2878	-0.1251	6.8894	0.8567	8.2844	-0.151	-0.5548	-0.5644	0.74	0.163	-0.1551	0.7275	0.2481	-0.012	0.1537	0.0589	0.017	0.1617	0.0723	0.1691	26.9824	-61.8273	34.3191

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	13 - 187
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	188 - 258
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	259 - 331
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	332 - 365
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	13 - 217
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	218 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	239 - 360
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	361 - 365

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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