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- PDB-6i66: Crystal structure of human ERRg LBD in complex with 4-sec-butylphenol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i66
タイトルCrystal structure of human ERRg LBD in complex with 4-sec-butylphenol
要素Estrogen-related receptor gamma
キーワードNUCLEAR PROTEIN / transcription factor nuclear receptor endocrine disruptor
機能・相同性
機能・相同性情報


AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(2~{R})-butan-2-yl]phenol / Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Delfosse, V. / Blanc, P. / Bourguet, W.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Plan Cancer ASC16007FSA フランス
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2019
タイトル: Insights into the activation mechanism of human estrogen-related receptor gamma by environmental endocrine disruptors.
著者: Thouennon, E. / Delfosse, V. / Bailly, R. / Blanc, P. / Boulahtouf, A. / Grimaldi, M. / Barducci, A. / Bourguet, W. / Balaguer, P.
履歴
登録2018年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6354
ポリマ－27,3011
非ポリマー3343
水4,954275
1
A: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子

A: Estrogen-related receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2708
ポリマ－54,6022
非ポリマー6696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area3400 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.350, 64.350, 135.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Estrogen-related receptor gamma / ERR gamma-2 / Estrogen receptor-related protein 3 / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 3


分子量: 27300.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG, ERR3, ERRG2, KIAA0832, NR3B3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62508
#2: 化合物 ChemComp-H4Q / 4-[(2~{R})-butan-2-yl]phenol / (-)-p-[(R)-sec-ブチル]フェノ-ル


分子量: 150.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14O
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 0-100 mM Sodium acetate 100 mM Tris 23-26% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→58.15 Å / Num. obs: 71858 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 5511 / Rrim(I) all: 0.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZBS

2zbs


解像度: 1.6→46.706 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.33 / 位相誤差: 20.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 3603 5.01 %
Rwork0.1741 --
obs0.1757 71858 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→46.706 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1747 0 23 275 2045
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9872612
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.597739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037309
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005330
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62110.30441470.24352581X-RAY DIFFRACTION100
1.6211-1.64330.26691380.23942634X-RAY DIFFRACTION100
1.6433-1.66680.2541420.22922605X-RAY DIFFRACTION100
1.6668-1.69170.2571620.21882659X-RAY DIFFRACTION100
1.6917-1.71810.23141320.21242601X-RAY DIFFRACTION100
1.7181-1.74630.31741280.22122646X-RAY DIFFRACTION100
1.7463-1.77640.27491370.22152617X-RAY DIFFRACTION100
1.7764-1.80870.23981160.21752619X-RAY DIFFRACTION100
1.8087-1.84350.26511440.21112640X-RAY DIFFRACTION100
1.8435-1.88110.21311250.20092639X-RAY DIFFRACTION100
1.8811-1.9220.23741320.20882640X-RAY DIFFRACTION100
1.922-1.96670.29391400.19862619X-RAY DIFFRACTION100
1.9667-2.01590.27421640.20532619X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.07040.23131370.18462613X-RAY DIFFRACTION100
2.0704-2.13130.22341250.18062636X-RAY DIFFRACTION100
2.1313-2.20010.18861570.17412605X-RAY DIFFRACTION100
2.2001-2.27880.19851700.17612615X-RAY DIFFRACTION100
2.2788-2.370.23151230.1882631X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.47790.24061560.17922625X-RAY DIFFRACTION100
2.4779-2.60850.24251490.18162615X-RAY DIFFRACTION100
2.6085-2.77190.16111250.18142636X-RAY DIFFRACTION100
2.7719-2.98590.20751460.16532603X-RAY DIFFRACTION100
2.9859-3.28630.22791130.15972651X-RAY DIFFRACTION100
3.2863-3.76160.17191290.14942642X-RAY DIFFRACTION100
3.7616-4.73860.161300.1362624X-RAY DIFFRACTION100
4.7386-46.72550.16581360.16832640X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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