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万見
- PDB-2zbs: Crystal structure of human estrogen-related receptor gamma ligand... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zbs
タイトルCrystal structure of human estrogen-related receptor gamma ligand binding domain apo form
要素Estrogen-related receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION / ERR gamma / nuclear receptor / apo form / Activator / Alternative splicing / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Polymorphism / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / retinoic acid receptor signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type ...Oestrogen-related receptor / Retinoic acid receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Estrogen-related receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Matsushima, A. / Kakuta, Y. / Teramoto, T. / Shimohigashi, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: ERRgamma tethers strongly bisphenol A and 4-alpha-cumylphenol in an induced-fit manner
著者: Matsushima, A. / Teramoto, T. / Okada, H. / Liu, X. / Tokunaga, T. / Kakuta, Y. / Shimohigashi, Y.
履歴
登録2007年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen-related receptor gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6111
ポリマ－27,6111
非ポリマー00
水3,855214
1
A: Estrogen-related receptor gamma

A: Estrogen-related receptor gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2222
ポリマ－55,2222
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area2610 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.716, 63.716, 134.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor-related protein 3 / ERR gamma-2


分子量: 27611.137 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain, residues 222-459 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P62508
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS DIFFERENCE IS BASED ON REFERENCE 3 IN THE DATABASE, ERR3_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 %
結晶化温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si 111 Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 26307 / Num. obs: 26307 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 52
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.376 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2300 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
BBSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2E2R

2e2r


解像度: 1.8→31.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 2.709 / SU ML: 0.086 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24443 1337 5.1 %RANDOM
Rwork0.20175 ---
obs0.20393 24955 99.27 %-
all-24955 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.942 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 0 214 2159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222006
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9942755
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5675280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.94926.20787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.14215409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.672155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.51269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37622015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0093829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0424.5713
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 88 -
Rwork0.26 1773 -
obs--98.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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