PDB-6i5w: BlMnBP1 binding protein of an ABC transporter from Bifidobacteriu...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 6i5w

タイトル

BlMnBP1 binding protein of an ABC transporter from Bifidobacterium animalis subsp. lactis ATCC27673 in complex with mannobiose

要素

Solute Binding Protein BlMnBP1, Blac_00780 in complex with mannopentaose

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Solute Binding Protein / Mannopentaose / Bifidobacterium animalis subsp. lactis ATCC27673 / Blac_00780

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / ACETATE ION / Solute Binding Protein BlMnBP1, Blac_00780 in complex with mannopentaose

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Abou Hachem, M. / Ejby, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2019
タイトル: Two binding proteins of the ABC transporter that confers growth of Bifidobacterium animalis subsp. lactis ATCC27673 on beta-mannan possess distinct manno-oligosaccharide-binding profiles.
著者: Ejby, M. / Guskov, A. / Pichler, M.J. / Zanten, G.C. / Schoof, E. / Saburi, W. / Slotboom, D.J. / Abou Hachem, M.

履歴

登録	2018年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i5w.cif.gz	176.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i5w.ent.gz	140.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6i5w_validation.pdf.gz	673.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i5w_full_validation.pdf.gz	680.5 KB	表示
XML形式データ	6i5w_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	6i5w_validation.cif.gz	27.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6fuvC 6i5rC 6i5vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c0l-2 5l0v-d 7c0z-1 5f7v-d 7c0w-2 5t1q-2 7c0r-2 7c0w-1 1gtt-4 7c0l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Solute Binding Protein BlMnBP1, Blac_00780 in complex with mannopentaose

ヘテロ分子

50.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.520, 73.250, 103.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Solute Binding Protein BlMnBP1, Blac_00780 in complex with mannopentaose

分子量: 47795.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bifidobacterium (バクテリア) / 株: animalis lactis / 遺伝子: Blac_00780 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8GZY8*PLUS

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン

分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂

#4: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Mother liquor, 0.1 M MES pH 5.5, 0.05 M Zn-acetate and 18% PEG 8000. Protein,15 mg/ml in 10 mM MES pH 6.5 and 150 mM NaCl. Drops set up 1 to 1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9989 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9989 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.551 Å / Num. obs: 32748 / % possible obs: 99.51 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 57.28 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 10.09
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / CC_1/2: 0.785

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→47.551 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2731	1638	5 %
R_work	0.2103	-	-
obs	0.2134	32748	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 214.49 Å² / B_iso mean: 46.5309 Å² / B_iso min: 18.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→47.551 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3359	0	175	103	3637
B_iso mean	-	-	56.53	40.41	-
残基数	-	-	-	-	427

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9001-1.956	0.419	134	0.4199	2537	2671	100
1.956-2.0192	0.3985	134	0.3786	2555	2689	100
2.0192-2.0914	0.3515	135	0.3487	2566	2701	100
2.0914-2.1751	0.3974	135	0.3286	2556	2691	100
2.1751-2.2741	0.3354	135	0.2874	2570	2705	100
2.2741-2.394	0.3174	134	0.258	2538	2672	100
2.394-2.544	0.311	138	0.2357	2611	2749	100
2.544-2.7404	0.3071	135	0.2102	2561	2696	100
2.7404-3.0161	0.2963	136	0.1978	2609	2745	100
3.0161-3.4524	0.2382	136	0.1799	2590	2726	99
3.4524-4.3492	0.2146	139	0.1511	2643	2782	100
4.3492-47.5656	0.2327	147	0.1763	2774	2921	100

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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