PDB-6i5n: Crystal structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B in complex with gr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i5n

タイトル

Crystal structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B in complex with growth hormone receptor peptide

要素

Elongin-B
Elongin-C
Growth hormone receptor peptide
Suppressor of cytokine signaling 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Complex

機能・相同性

機能・相同性情報

JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway ...JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of multicellular organism growth / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mammary gland alveolus development / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Negative regulation of FLT3 / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of cell growth / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / insulin-like growth factor receptor binding / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / ubiquitin protein ligase binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Kung, W.W. / Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Bruno, E. / Ciulli, A.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the SOCS2 E3 ubiquitin ligase.
著者: Kung, W.W. / Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Bruno, E. / Ciulli, A.

履歴

登録	2018年11月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: audit_author / pdbx_seq_map_depositor_info / struct Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _struct.title
改定 1.2	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6i5n.ent.gz	273.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6i5n_full_validation.pdf.gz	524 KB	表示
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CIF形式データ	6i5n_validation.cif.gz	49.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/6i5n	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	6i5j-1 3v3k-7 5ioo-d 6kto-d 3ezu-d 1tu3-1 2bww-d 1tu3-3 3fsh-d 6fy2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (20) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (6) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (5) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (5) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (20)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (6)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (5)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (5)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Suppressor of cytokine signaling 2

B: Elongin-B

C: Elongin-C

D: Suppressor of cytokine signaling 2

E: Elongin-B

F: Elongin-C

J: Growth hormone receptor peptide

K: Growth hormone receptor peptide

I: Growth hormone receptor peptide

L: Growth hormone receptor peptide

ヘテロ分子

90 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Suppressor of cytokine signaling 2

B: Elongin-B

C: Elongin-C

K: Growth hormone receptor peptide

I: Growth hormone receptor peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SBC complex with substrate EpoR peptide
44.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Suppressor of cytokine signaling 2

E: Elongin-B

F: Elongin-C

J: Growth hormone receptor peptide

L: Growth hormone receptor peptide

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.177, 156.763, 57.571
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-248- HOH
2	1	E-266- HOH
3	1	E-306- HOH

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質	Suppressor of cytokine signaling 2 / SOCS-2 / Cytokine-inducible SH2 protein 2 / CIS-2 / STAT-induced STAT inhibitor 2 / SSI-2 分子量: 19411.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14508
#2: タンパク質	Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2 分子量: 11852.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質	Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1 分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 JKIL

#4: タンパク質・ペプチド	Growth hormone receptor peptide 分子量: 1320.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 515分子

#5: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.8 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Sodium cacodylate, cobalt chloride, MES, ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→113.55 Å / Num. obs: 73251 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2420: ???)	精密化
Coot		モデル構築
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.98→54.042 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	3750	2.72 %
R_work	0.1899	-	-
obs	0.1909	72170	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→54.042 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5910	0	7	512	6429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6048
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	8201
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.646	3629
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	945
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0051	0.3114	142	0.2766	4906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0051-2.0314	0.2642	135	0.2671	4957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0314-2.0593	0.2619	142	0.249	5023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0593-2.0887	0.2761	138	0.2322	4932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0887-2.1199	0.2364	134	0.2314	4955	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1199-2.153	0.2229	134	0.2204	4981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.153-2.1883	0.2412	142	0.2153	4921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1883-2.226	0.2512	140	0.2144	5034	X-RAY DIFFRACTION	100
2.226-2.2665	0.2455	134	0.219	4926	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2665-2.3101	0.227	142	0.1987	4997	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3101-2.3573	0.2579	140	0.1964	4928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3573-2.4085	0.2352	138	0.1965	4994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4085-2.4645	0.3042	138	0.1991	4914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4645-2.5262	0.264	138	0.1962	5006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5262-2.5945	0.2971	141	0.1971	4961	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5945-2.6708	0.2703	141	0.2002	4884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6708-2.757	0.2887	141	0.2133	5063	X-RAY DIFFRACTION	100
2.757-2.8556	0.3097	138	0.2063	4912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8556-2.9699	0.2515	135	0.2001	4957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9699-3.105	0.2237	140	0.2038	4989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.105-3.2687	0.2604	143	0.1958	4958	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2687-3.4735	0.1897	141	0.1766	4953	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4735-3.7416	0.2235	137	0.1699	4979	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7416-4.118	0.1873	141	0.149	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
4.118-4.7136	0.1459	139	0.1323	4943	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7136-5.9375	0.157	139	0.1706	4963	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9375-54.062	0.2021	137	0.1931	4960	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5119	0.4658	-0.5126	1.9898	-2.1284	7.4179	0.1574	-0.0546	0.0435	0.1205	0.1348	0.3245	-0.0015	-0.2282	-0.277	0.1167	-0.0417	-0.0163	0.2444	0.0102	0.2385	-16.0659	31.0492	-26.5836
2	1.7156	0.28	-0.1238	8.8189	0.8179	5.8127	-0.0928	1.1279	0.2075	-0.807	0.1396	-0.6741	-0.266	0.7288	-0.0026	0.2529	-0.018	0.0201	0.6166	0.0935	0.2357	-4.0022	37.3208	-43.2955
3	4.8307	1.0659	-1.2695	2.2755	0.7844	3.6177	-0.1206	0.2547	-0.4494	-0.0789	-0.1401	-0.3293	0.162	0.4377	0.267	0.1004	-0.0151	0.0103	0.2634	0.0356	0.2294	-3.4991	31.6673	-31.4966
4	4.5045	0.4166	-0.2435	0.0423	0.0527	0.0895	-0.0669	-0.1379	0.3451	0.1876	0.1542	-0.0943	0.2343	-0.0251	-0.1	0.2081	0.0267	-0.013	0.2761	0.0204	0.3138	0.3976	34.7824	-18.3074
5	3.014	-0.2602	1.1332	2.5285	-4.732	9.5801	-0.2435	0.0835	0.0541	0.4311	-0.0831	-0.296	-0.412	0.161	0.3591	0.1733	-0.0216	-0.0077	0.2303	-0.0106	0.2148	-8.8492	40.9339	-22.4256
6	5.5897	-0.9871	1.0946	0.4173	-0.0454	0.9304	-0.104	0.2755	0.4616	0.0386	-0.1167	-0.2577	-0.2402	0.2902	0.1612	0.2329	-0.0542	-0.0123	0.27	0.1198	0.2861	-6.8678	44.3232	-33.6788
7	3.3488	-0.4483	-0.5421	1.9747	2.5679	6.66	0.005	-0.269	0.0506	-0.0211	-0.0201	-0.1157	-0.4126	0.1802	0.009	0.1884	-0.0096	-0.0213	0.1982	0.0404	0.1381	-26.512	48.702	-26.4882
8	3.4693	-2.305	-4.7438	4.3403	1.4689	8.5085	-0.17	-0.7844	-0.7511	0.3336	-0.0118	0.0719	0.301	0.1143	0.1249	0.1632	-0.0194	-0.0345	0.2493	0.0558	0.1984	-25.9722	43.0007	-23.4673
9	7.0338	-4.1116	3.5466	7.6102	-3.2277	3.7659	0.1005	0.4442	-0.3291	-0.1745	-0.2451	0.1337	-0.1975	0.4554	0.0757	0.2481	-0.0528	-0.0183	0.2613	0.0038	0.1123	-30.4711	50.122	-55.849
10	4.0244	-1.3456	-1.9837	3.0407	-0.3001	6.5766	-0.1287	0.1034	0.0135	0.0146	-0.0434	0.0705	-0.2603	0.3512	0.1928	0.1962	-0.0601	-0.0488	0.16	-0.0167	0.1062	-32.6836	49.6328	-57.5305
11	8.2592	0.2416	-4.1588	2.1678	-2.6524	7.3422	-0.0304	0.4292	-0.1767	-0.5742	0.1147	0.2526	0.1172	-0.1851	-0.0772	0.2693	-0.0401	-0.0532	0.1977	-0.0166	0.1394	-36.7924	47.9838	-65.4533
12	8.8013	1.7411	0.9532	8.3181	0.1725	6.1685	0.009	0.6476	0.3897	-0.4653	0.0603	0.2654	-0.3032	-0.4571	-0.0518	0.2815	0.0179	-0.0145	0.2114	0.0459	0.1364	-40.7687	54.6801	-66.2184
13	7.7125	-1.7163	0.2905	5.5037	2.2801	5.1925	-0.0055	0.2217	0.6844	-0.165	0.0264	-0.2539	-1.395	0.6922	-0.0393	0.4933	-0.1823	-0.0258	0.3541	0.0485	0.2352	-27.5877	58.3392	-64.9622
14	0.5024	1.0631	-1.0823	4.1188	-1.3099	4.0555	-0.1138	0.2416	0.1235	0.2413	-0.1942	-0.3049	-0.5186	0.9463	0.3596	0.2829	-0.0811	-0.0161	0.2827	-0.0005	0.1416	-27.3543	53.0807	-55.0638
15	8.5274	-3.2747	4.2718	5.1057	-4.245	4.0429	0.1173	1.4945	0.7408	-1.2664	0.2647	0.9287	-0.4658	-1.9174	-0.2972	0.6859	0.1632	-0.0581	0.7091	0.1333	0.4631	-47.7679	61.0311	-69.0353
16	0.7516	0.113	-0.0047	1.8667	-3.3481	6.6152	0.0367	0.0281	0.2449	0.1617	0.1906	0.3988	-1.5701	-0.9951	-0.2131	0.5949	0.0502	-0.0218	0.1865	0.0343	0.308	-40.634	61.4143	-52.6687
17	4.6702	-0.1851	-0.4348	0.4869	-0.6219	0.8903	-0.6801	-1.5882	0.862	0.8684	0.7806	-0.8747	0.2591	0.7735	-1.0648	1.6502	-0.3851	-0.325	1.2036	-0.4043	0.433	-30.0987	60.1502	-27.6413
18	3.4184	-0.1549	-0.3235	4.7544	-2.0335	5.6265	-0.0286	0.0573	-0.0904	-0.3168	0.0112	0.0538	0.2404	-0.1746	0.0372	0.1138	-0.0131	-0.0158	0.1232	-0.0359	0.149	-40.2726	41.8278	-46.8065
19	4.9994	3.9506	1.1115	3.286	1.1023	0.7352	-0.0855	0.0131	0.2655	0.2682	-0.2333	1.3075	0.2857	-0.3268	0.3433	0.4403	-0.0439	0.0824	0.3446	-0.1441	0.4714	-52.0591	31.6199	-47.7787
20	6.3132	-0.7053	-0.5528	2.5613	0.3655	4.1266	0.0595	0.1657	-0.1873	0.0412	-0.1275	-0.0049	0.0087	0.1174	0.0565	0.1481	-0.0139	-0.014	0.13	0.0233	0.0851	-30.4003	44.918	-43.0994
21	4.0497	3.8462	1.4005	3.8682	1.9732	6.3135	-0.1116	-0.2004	-0.0647	-0.0901	0.0922	-0.0985	-0.3525	-0.2709	0.0815	0.1671	0.0226	0.0075	0.1859	0.0024	0.1787	-33.5528	47.3452	-33.2031
22	4.6718	4.8871	-3.96	6.0163	-4.6199	3.56	-0.0229	0.0619	0.0217	-0.1726	0.1459	0.307	0.0918	-0.4126	-0.1258	0.1351	-0.0134	-0.0424	0.2431	0.0323	0.2876	-20.9301	21.9262	-81.4713
23	1.5468	-1.1762	-0.1091	1.9903	0.842	1.5211	0.1851	-0.8265	-0.3191	0.3876	-0.3214	-0.5833	0.1079	0.7456	0.1534	0.2546	-0.0717	-0.0896	0.5112	0.2045	0.424	-12.9033	14.5362	-64.6757
24	2.6421	-1.2104	2.0095	4.7937	-0.2811	2.6876	-0.1759	-0.15	-0.6938	-0.3299	-0.1853	-0.8973	0.3289	0.4353	0.1643	0.2161	0.057	0.0653	0.3158	0.1457	0.4954	-13.2424	9.7906	-76.1165
25	0.9625	0.6766	1.8709	1.2838	2.4213	5.1118	-0.301	0.1053	-0.9191	-0.184	-0.4976	-0.5223	1.1019	0.7308	0.5771	0.5735	0.0695	0.112	0.4341	0.2786	0.8604	-16.6589	-0.364	-70.4772
26	3.2831	-0.4626	0.806	1.3539	0.296	6.7944	0.0429	0.1498	-0.0576	-0.0829	-0.1502	-0.0533	-0.2147	0.1099	0.1159	0.1997	-0.0631	0.0243	0.1418	0.0211	0.1558	-35.3441	12.9615	-75.1813
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28	1.4842	0.1267	0.4223	1.5677	-0.7205	3.5514	0.0744	-0.046	0.1977	0.1343	-0.1599	0.004	-0.3319	0.5059	0.1011	0.2424	-0.0925	0.0164	0.1961	-0.0392	0.1353	-43.6604	12.633	-44.7558
29	3.3892	0.132	2.0821	2.1555	-2.0332	3.3718	0.0743	-0.4347	0.465	0.7836	0.0909	0.0115	-1.1504	0.2085	0.0812	0.4069	-0.1268	-0.0043	0.1943	-0.0747	0.1628	-46.9018	15.6758	-36.9012
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31	2.4317	3.996	2.3553	7.0663	4.3992	2.8762	-0.0218	-0.0088	-0.1226	0.324	-0.0382	-0.1734	0.0927	0.2749	-0.0536	0.2815	-0.0709	-0.0012	0.2437	-0.0141	0.1859	-45.3446	1.5929	-37.5828
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33	2.4716	1.3633	-1.009	1.4454	-0.0446	3.1044	-0.171	-0.1095	0.0705	-0.0209	0.0821	0.0005	0.1176	0.2915	0.1172	0.2777	-0.0521	-0.0274	0.1565	0.0266	0.1363	-42.8163	7.9993	-48.1519
34	2.1571	-2.6628	-0.1406	5.5659	2.109	3.8099	1.0532	-1.6532	1.342	1.5498	-0.5496	1.2348	-0.6208	-1.5197	-0.2952	0.5688	-0.0705	0.0951	0.5428	-0.1164	0.394	-62.7038	8.3271	-32.7592
35	4.1845	0.9544	-5.3582	0.2744	-1.5526	8.6282	-0.2227	0.2794	-0.2379	-0.2844	0.1832	0.2339	0.7109	-0.6837	0.112	0.3364	-0.09	-0.0161	0.1682	-0.0152	0.2242	-56.1119	5.0088	-49.6587
36	0.9133	-0.9208	-1.0867	0.9525	1.4006	5.093	0.0112	0.9663	-0.6339	-0.7471	-0.3303	-0.049	0.4686	-0.0839	-0.256	1.2606	-0.1849	0.3168	0.7185	-0.3434	0.4201	-48.5299	1.5778	-73.3486
37	3.3999	1.077	-0.5113	2.9164	0.7938	2.1543	0.1844	-0.0083	0.2765	-0.0854	-0.1114	0.0028	-0.4728	-0.0447	-0.0316	0.3632	-0.0514	0.0306	0.1358	-0.0069	0.2012	-47.7157	23.2106	-55.6912
38	2.4052	2.7773	1.2749	5.6344	2.1697	1.2086	-0.1764	-0.0484	0.5843	-0.1879	0.0347	0.6033	-0.1034	0.0852	0.1506	0.3253	0.0089	-0.0189	0.2649	-0.0111	0.3233	-50.391	29.7435	-59.3375
39	4.33	-0.8252	-0.0688	2.126	-0.6841	3.9648	0.0862	-0.1265	0.0797	0.0736	-0.1819	-0.2244	-0.1369	0.2726	0.0916	0.2618	-0.0934	0.0004	0.1483	0.031	0.1471	-38.5452	14.516	-62.1263
40	2.3166	0.6764	-0.0049	4.5956	0.4107	1.9953	-0.01	0.8665	0.1212	-0.2572	0.2025	-0.8148	-0.1525	0.6196	-0.1801	0.1447	-0.0359	0.0022	0.406	0.0232	0.3885	5.1534	35.3674	-31.9827
41	2.1378	-1.1918	0.5909	2.8227	-1.5636	2.0836	0.4503	-0.4667	-0.6994	0.4959	-0.0816	-1.0304	0.6813	0.3844	-0.343	0.3824	0.0637	-0.1138	0.6159	0.2281	0.815	-4.7917	5.3651	-69.4654
42	5.7433	-0.4152	-1.2753	1.8365	0.0118	2.5732	-0.0675	0.061	1.4665	0.1802	0.152	-0.5896	-0.5036	0.1557	0.0235	0.2942	-0.0956	-0.1013	0.324	0.0747	0.6627	1.6523	47.922	-24.968
43	0.3601	0.7016	0.3709	1.5435	0.6527	0.8521	0.394	0.0873	-0.5792	-0.7285	0.2727	-0.3372	0.2412	-0.013	-0.0566	0.6653	0.1257	-0.0652	0.5156	0.2171	1.3765	-13.5171	-3.4018	-75.7823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 54 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 69 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 70 through 100 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 101 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 132 through 162 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 163 through 184 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 185 through 198 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 9 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 10 through 23 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 24 through 35 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 36 through 45 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 46 through 60 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 61 through 79 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 80 through 84 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 85 through 95 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 96 through 103 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 16 through 46 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 47 through 58 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 59 through 96 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 97 through 112 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 30 through 46 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 47 through 81 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 82 through 131 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 132 through 154 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 155 through 198 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 1 through 9 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 10 through 23 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 24 through 35 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 36 through 45 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 46 through 55 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 56 through 65 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 66 through 79 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 80 through 84 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 85 through 95 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 96 through 101 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 16 through 47 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 48 through 66 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 67 through 112 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'I' and (resid -4 through 5 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'J' and (resid -4 through 5 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'K' and (resid -3 through 5 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid -2 through 5 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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