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- PDB-6i5j: Crystal structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B in complex with gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i5j
タイトルCrystal structure of SOCS2:Elongin C:Elongin B in complex with growth hormone receptor peptide
要素
  • (Suppressor of cytokine signaling ...) x 2
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Growth hormone receptor peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding ...negative regulation of growth hormone receptor signaling pathway / JAK pathway signal transduction adaptor activity / phosphorylation-dependent protein binding / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / VCB complex / phosphatidylinositol 3-kinase complex / growth hormone receptor binding / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / growth hormone receptor signaling pathway / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of multicellular organism growth / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of signal transduction / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / mammary gland alveolus development / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Growth hormone receptor signaling / cellular response to hormone stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Negative regulation of FLT3 / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Interleukin-7 signaling / transcription corepressor binding / regulation of cell growth / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to estradiol / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 ...SOCS box / Suppressor of cytokine signalling 2 / SOCS2, SH2 domain / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Elongin C; Chain C, domain 1 / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Suppressor of cytokine signaling 2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kung, W.W. / Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Bruno, E. / Ciulli, A.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLs 英国
Wellcome Trust100476/Z/12/Z 英国
Wellcome Trust094090/Z/10/Z 英国
University of Dundee, PhD scholarship 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into substrate recognition by the SOCS2 E3 ubiquitin ligase.
著者: Kung, W.W. / Ramachandran, S. / Makukhin, N. / Bruno, E. / Ciulli, A.
履歴
登録2018年11月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _struct.title
改定 1.22019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Elongin-B
C: Elongin-C
D: Suppressor of cytokine signaling 2
E: Elongin-B
F: Elongin-C
I: Growth hormone receptor peptide
J: Growth hormone receptor peptide
K: Growth hormone receptor peptide
L: Growth hormone receptor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,91212
ポリマ－89,79410
非ポリマー1182
水59433
1
A: Suppressor of cytokine signaling 2
B: Elongin-B
C: Elongin-C
I: Growth hormone receptor peptide
K: Growth hormone receptor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0086
ポリマ－44,9495
非ポリマー591
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
2
D: Suppressor of cytokine signaling 2
E: Elongin-B
F: Elongin-C
J: Growth hormone receptor peptide
L: Growth hormone receptor peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9046
ポリマ－44,8455
非ポリマー591
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7740 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.835, 113.707, 156.944
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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Suppressor of cytokine signaling ... , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 2 / SOCS-2 / Cytokine-inducible SH2 protein 2 / CIS-2 / STAT-induced STAT inhibitor 2 / SSI-2


分子量: 19481.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14508
#4: タンパク質 Suppressor of cytokine signaling 2 / SOCS-2 / Cytokine-inducible SH2 protein 2 / CIS-2 / STAT-induced STAT inhibitor 2 / SSI-2


分子量: 19377.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SOCS2, CIS2, SSI2, STATI2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14508

-
タンパク質 , 2種, 4分子 BECF

#2: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11852.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 IJKL

#5: タンパク質・ペプチド
Growth hormone receptor peptide


分子量: 1320.407 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 35分子

#6: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium cacodylate, cobalt chloride, MES, ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→92.08 Å / Num. obs: 26321 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
Cootモデル構築
AutoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→64.585 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2638 1305 4.97 %
Rwork0.2096 --
obs0.2123 26267 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→64.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6089 0 2 33 6124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4128463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0444070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.91220.30781400.26932733X-RAY DIFFRACTION100
2.9122-3.04470.37351400.26892741X-RAY DIFFRACTION100
3.0447-3.20520.28451420.25542719X-RAY DIFFRACTION100
3.2052-3.4060.32391530.23132726X-RAY DIFFRACTION100
3.406-3.6690.25231380.21682747X-RAY DIFFRACTION100
3.669-4.03820.23931400.18382752X-RAY DIFFRACTION100
4.0382-4.62240.20851370.16362791X-RAY DIFFRACTION100
4.6224-5.82310.25651540.18912813X-RAY DIFFRACTION100
5.8231-64.60210.25241610.21572940X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 79.9436 Å / Origin y: 27.3959 Å / Origin z: 28.3844 Å
111213212223313233
T0.2419 Å2-0.0091 Å2-0.0313 Å2-0.25 Å2-0.0038 Å2--0.2452 Å2
L0.5339 °20.0481 °2-0.1707 °2-0.1398 °2-0.0896 °2--0.2453 °2
S0.0015 Å °0.0366 Å °-0.007 Å °-0.0404 Å °0.0239 Å °0.0265 Å °0.0669 Å °0.0131 Å °-0.0163 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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