[日本語] English
万見
- PDB-6i50: Structure of Eiger TNF from S. frugiperda -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i50
タイトルStructure of Eiger TNF from S. frugiperda
要素SFRICE_029225
キーワードCYTOKINE / TNF / Tumour Necrosis Factor / Apoptosis / Arthropod
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor binding / cytokine activity / immune response / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Bertinelli, M. / Paesen, G.C. / Grimes, J.M. / Renner, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust204703/Z/16/Z 英国
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: High-resolution crystal structure of arthropod Eiger TNF suggests a mode of receptor engagement and altered surface charge within endosomes.
著者: Bertinelli, M. / Paesen, G.C. / Grimes, J.M. / Renner, M.
#1: ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: High-resolution crystal structure of arthropod Eiger TNF suggests a mode of receptor engagement and altered surface charge within endosomes.
著者: Bertinelli, M. / Paesen, G.C. / Grimes, J.M. / Renner, M.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SFRICE_029225


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0341
ポリマ－19,0341
非ポリマー00
水3,153175
1
A: SFRICE_029225

A: SFRICE_029225

A: SFRICE_029225


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1033
ポリマ－57,1033
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.222, 55.222, 142.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-326-

HOH

21A-361-

HOH

31A-368-

HOH

41A-375-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SFRICE_029225


分子量: 19034.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
細胞株: Sf9 / 参照: UniProt: A0A2H1VTZ0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1 M Imidazole/MES, pH 6.5, 30% ethylene glycol/PEG8k

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→47.4 Å / Num. obs: 17657 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 757 / CC1/2: 0.401 / % possible all: 81.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U5Y

1u5y


解像度: 1.69→47.365 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 882 5 %
Rwork0.1552 --
obs0.1565 17652 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→47.365 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1240 0 0 175 1415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7661750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.791748
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6901-1.7960.25241170.23692519X-RAY DIFFRACTION87
1.796-1.93460.21821460.18922808X-RAY DIFFRACTION98
1.9346-2.12930.2011470.16112860X-RAY DIFFRACTION100
2.1293-2.43740.20121220.15472893X-RAY DIFFRACTION100
2.4374-3.07080.20142100.15532804X-RAY DIFFRACTION100
3.0708-47.38390.13111400.13242886X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.50031.0392-2.45365.3559-2.94699.62990.01320.68950.0139-0.20620.0132-0.0121-0.1525-0.24610.04020.09080.0162-0.00570.1031-0.04340.1089-25.17964.70128.8986
22.034-0.1312-0.45996.4666-2.71087.95520.0022-0.6183-0.42450.1150.0285-0.36070.7920.07390.01590.25820.0624-0.00720.25020.05360.2564-18.831-2.686448.8222
34.98271.2756-0.81210.67290.68072.78640.0247-0.0031-0.4041-0.0286-0.0406-0.09440.24570.03180.00260.10020.01910.00310.0466-0.00490.1315-20.4011-0.419330.6842
41.25860.1697-1.07290.958-0.69994.15950.017-0.1333-0.03520.14890.003-0.0002-0.08810.1308-0.03180.08960.00670.00310.0561-0.010.0767-19.78838.784745.6309
59.1765-5.964-5.74045.20125.33317.2460.0613-0.09170.1117-0.05480.0782-0.3299-0.10680.4075-0.09270.0776-0.0138-0.010.10610.0290.142-10.03710.756741.9963
63.3946-1.9013-0.41673.5496-4.40788.68370.07880.47980.14930.36090.1134-0.0082-0.5617-0.4517-0.23310.2498-0.00190.00070.28310.05640.1698-24.65279.191266.6782
72.97890.8845-3.2722.0944-1.61135.47640.1303-0.24570.03590.1222-0.03810.0041-0.21950.2594-0.07490.0867-0.0105-0.01250.1115-0.01090.0922-22.080612.41442.9607
81.8275-1.2813-1.44341.40910.74332.0328-0.028-0.12470.0026-0.01040.1324-0.13720.29270.3211-0.18720.09890.01190.01180.1123-0.00570.1513-11.82125.303937.3057
91.90620.9191-1.2053.3622-1.20153.2524-0.0229-0.2146-0.07620.1680.07630.02680.34050.0461-0.05980.0770.0420.00110.0832-0.0080.091-23.35444.525343.8875
102.01063.63182.05320.74752.44257.6072-0.27621.5374-0.0801-0.04160.4966-0.25990.02051.091-0.21940.16780.0309-0.00210.30120.0060.2821-4.466417.799226.4622
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 67 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 68 through 92 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 93 through 108 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 109 through 116 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 117 through 129 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 130 through 139 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 140 through 161 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 162 through 170 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る