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- PDB-6i4p: Crystal structure of the disease-causing G194C mutant of the huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i4p
タイトルCrystal structure of the disease-causing G194C mutant of the human dihydrolipoamide dehydrogenase
要素Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lipoamide dehydrogenase / Pathogenic mutation / E3 deficiency / Alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex / Pyruvate dehydrogenase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyltransferase complex / acrosomal matrix / OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / OADH complex synthesizes glutaryl-CoA from 2-OA / oxoadipate dehydrogenase complex / Glycine degradation / branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / Loss-of-function mutations in DBT cause MSUD2 / Loss-of-function mutations in DLD cause MSUD3/DLDD ...acetyltransferase complex / acrosomal matrix / OGDH complex synthesizes succinyl-CoA from 2-OG / OADH complex synthesizes glutaryl-CoA from 2-OA / oxoadipate dehydrogenase complex / Glycine degradation / branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase complex / BCKDH synthesizes BCAA-CoA from KIC, KMVA, KIV / Loss-of-function mutations in DBT cause MSUD2 / Loss-of-function mutations in DLD cause MSUD3/DLDD / H139Hfs13* PPM1K causes a mild variant of MSUD / PDH complex synthesizes acetyl-CoA from PYR / Branched-chain ketoacid dehydrogenase kinase deficiency / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / oxoglutarate dehydrogenase complex / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / pyruvate dehydrogenase complex / branched-chain amino acid catabolic process / Branched-chain amino acid catabolism / 2-oxoglutarate metabolic process / pyruvate metabolic process / Signaling by Retinoic Acid / motile cilium / sperm capacitation / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / gastrulation / Mitochondrial protein degradation / regulation of membrane potential / flavin adenine dinucleotide binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / proteolysis / nucleus
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain ...Dihydrolipoamide dehydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Szabo, E. / Wilk, P. / Torocsik, B. / Weiss, M.S. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.
資金援助 ハンガリー, 米国, ドイツ, 10件
組織認可番号国
Hungarian Academy of Sciences02001 [to A.-V.V.] ハンガリー
Hungarian Scientific Research Fund, grant#112230 [to A.-V.V.] ハンガリー
Hungarian Brain Research Pogram, grant#KTIA_13_NAP_III/6 and 2017-1.2.1-NKP-2017-00002 [to A.-V.V.] ハンガリー
Hungarian Academy of SciencesBolyai Fellowship [to A.A.] ハンガリー
European Molecular Biology OrganizationShort-term Fellowship [to A.A.] ハンガリー
Semmelweis University, Young Investigator Research Grant [to A.A.] ハンガリー
Gedeon Richter PIc., Young Investigator Research Grant [to A.A.] ハンガリー
Fulbright Commission, Fulbright Fellowship [to A.A.] 米国
European Union and Government of Hungary, grant#EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00009 [to S.E.] ハンガリー
European Union CALIPSOplus, grant#16204087-ST [to S.E. and A.A.] ドイツ
引用ジャーナル: Hum.Mol.Genet. / 年: 2019
タイトル: Underlying molecular alterations in human dihydrolipoamide dehydrogenase deficiency revealed by structural analyses of disease-causing enzyme variants.
著者: Szabo, E. / Wilk, P. / Nagy, B. / Zambo, Z. / Bui, D. / Weichsel, A. / Arjunan, P. / Torocsik, B. / Hubert, A. / Furey, W. / Montfort, W.R. / Jordan, F. / Weiss, M.S. / Adam-Vizi, V. / Ambrus, A.
履歴
登録2018年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial
B: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,22115
ポリマ－105,3672
非ポリマー2,85413
水10,575587
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13150 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area35420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.487, 169.423, 61.865
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-857-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...
21(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A3 - 44
121(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A46 - 49
131(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A51 - 57
141(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A106 - 139
151(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A3 - 474
161(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A141 - 193
171(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A3 - 474
181(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A221 - 227
191(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A3 - 474
1101(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A278 - 33
1111(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A353 - 9
1121(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A353 - 396
1131(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A398 - 413
1141(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A446 - 47444
1151(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A446 - 470
1161(chain A and (resid 3 through 44 or resid 46...A472 - 474
211(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B3 - 44
221(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B46 - 49
231(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B51 - 57
241(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B59 - 64
251(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B196 - 219
261(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B221 - 227
271(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B229 - 276
281(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B278 - 331
291(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B333 - 347
2101(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B349 - 351
2111(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B353 - 39436
2121(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B43813
2131(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B415 - 436
2141(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B438 - 444
2151(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B446 - 470
2161(chain B and (resid 3 through 44 or resid 46...B472 - 474

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要素

#1: タンパク質 Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial / Dihydrolipoamide dehydrogenase / Glycine cleavage system L protein


分子量: 52683.262 Da / 分子数: 2 / 変異: G194C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Sequence of the Strep-tag with the linker amino acids: MASWSHPQFEKGALEVLFQGPG
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLD, GCSL, LAD, PHE3 / プラスミド: pET52b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09622, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 2 M ammonium sulfate, 2(v/v)% PEG 400, 0.1 M Bis-Tris (pH 6.9)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→46.093 Å / Num. obs: 162966 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.452 % / Biso Wilson estimate: 26.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.355 / Net I/σ(I): 11.26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.695.9391.9620.57238410.6692.15189.1
1.69-1.816.8270.941.31251880.9051.018100
1.81-1.956.5050.5942.31230200.9570.64698
1.95-2.146.8830.2565.18217070.9910.277100
2.14-2.396.3950.1649.25189770.9940.17996.7
2.39-2.766.7720.09916.03173740.9970.10799.9
2.76-3.386.2860.0627.09147170.9980.06599.3
3.38-4.775.8330.04140.29115190.9990.04599.2
4.77-46.0936.0480.03246.166230.9990.03598.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.64
最高解像度最低解像度
Rotation48.82 Å2 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZMD

1zmd


解像度: 1.6→46.093 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.05
詳細: TLS groups, NCS torsion-angle restraints, automatic occupancy refinement and real-space refinement were involved, hydrogen atoms were added to the model during refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 2086 1.29 %
Rwork0.1873 --
obs0.1876 161663 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.66 Å2 / Biso mean: 47.0065 Å2 / Biso min: 20.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→46.093 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7081 0 279 587 7947
Biso mean--47.14 43.15 -
残基数----953
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4024X-RAY DIFFRACTION6.43TORSIONAL
12B4024X-RAY DIFFRACTION6.43TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5956-1.63270.51151040.49457967807173
1.6327-1.67350.46011330.4323102441037794
1.6735-1.71880.34971420.3599108461098899
1.7188-1.76930.31341410.299108051094699
1.7693-1.82650.32111410.2716108091095099
1.8265-1.89170.2711410.2342107631090499
1.8917-1.96750.23741370.2923104151055295
1.9675-2.0570.25461430.2045109201106399
2.057-2.16550.24031420.18751090811050100
2.1655-2.30110.26151370.226104101054795
2.3011-2.47880.20751420.1672109301107299
2.4788-2.72820.21921440.16921099711141100
2.7282-3.12290.21661440.1766110091115399
3.1229-3.93420.17441450.16061112411269100
3.9342-46.11260.15551500.1447114301158099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93440.38520.29472.2185-0.05690.51340.0174-0.05390.21050.14640.02630.3397-0.0231-0.0921-0.02550.27810.02140.10860.23010.00550.324631.047210.611620.5549
21.1838-0.9030.48483.2573-0.65520.81660.07160.20040.2546-0.82350.05740.33610.146-0.077-0.11480.5158-0.0375-0.04970.29270.04590.300428.57242.5678-2.4627
32.61430.28211.22422.0468-0.05751.3810.0230.16110.1266-0.33040.0783-0.0225-0.00030.0234-0.03050.3553-0.01150.09820.22540.06340.305840.551317.12776.071
40.92230.65790.39912.23840.08180.4721-0.01590.0927-0.1282-0.25720.0928-0.4140.00710.0431-0.07180.2855-0.00490.10790.2195-0.01980.308646.4675-8.915512.1527
51.4552-0.7646-0.29032.4660.16510.65720.0440.1624-0.186-0.32270.060.16840.1107-0.0296-0.08890.349-0.0372-0.02520.2463-0.02080.341634.2223-37.358312.0963
61.3033-0.3028-0.08362.6753-0.07420.09590.09730.1185-0.1529-0.29490.04580.64850.0574-0.0578-0.08670.3235-0.0181-0.09220.31160.07260.448220.1727-23.551612.5956
71.10850.3265-0.18262.82520.44342.03040.04880.2134-0.378-0.29740.0864-0.18530.31030.1123-0.12730.47680.0195-0.04450.2858-0.07440.504140.7002-52.014212.2461
81.64050.06660.29033.6459-0.66771.73920.0497-0.2202-0.14180.36950.08330.58990.054-0.0747-0.12410.3389-0.05320.06950.25640.07140.507717.3636-37.527529.7487
91.20740.9832-0.09831.2915-0.4021.23940.1909-0.2412-0.08920.56090.00350.4581-0.0372-0.1106-0.1640.4748-0.03510.17530.27930.05670.435821.7627-28.001937.7412
102.5330.2683-0.29351.6918-0.18651.44260.0929-0.3632-0.35270.32180.04460.4953-0.0332-0.0820.01190.4353-0.05150.08710.2910.09610.448124.1612-40.30435.1515
112.1763-0.8506-0.82452.64190.55531.83370.0013-0.1663-0.10190.28910.1998-0.59460.19770.2555-0.17020.30290.0197-0.09840.2655-0.0540.425847.4852-39.755924.03
121.44230.1082-0.28533.9495-0.2240.85550.0957-0.1849-0.00480.5462-0.0432-0.2782-0.03090.0165-0.04940.3562-0.02110.00860.2132-0.00680.247642.0419-11.413730.7792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 187 )A3 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 188 through 260 )A188 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 261 through 307 )A261 - 307
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 308 through 474 )A308 - 474
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -6 through 67 )B-6 - 67
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 68 through 110 )B68 - 110
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 111 through 152 )B111 - 152
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 153 through 187 )B153 - 187
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 188 through 260 )B188 - 260
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 261 through 288 )B261 - 288
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 289 through 358 )B289 - 358
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 359 through 474 )B359 - 474

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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