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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6i4n | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Dodecamer DNA containing the synthetic base pair P-Z in complex with a pyrrole-imidazole polyamide | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / synthetic base pair / Z / P / pyrrole-imidazole polyamide | 機能・相同性 | Chem-K4Z / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics | データ登録者 | Padroni, G. / Parkison, J. / Burley, G.A. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019 | タイトル: Sequence-Selective Minor Groove Recognition of a DNA Duplex Containing Synthetic Genetic Components. 著者: Padroni, G. / Withers, J.M. / Taladriz-Sender, A. / Reichenbach, L.F. / Parkinson, J.A. / Burley, G.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6i4n.cif.gz | 192.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6i4n.ent.gz | 156.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6i4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6i4n_validation.pdf.gz | 440.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6i4n_full_validation.pdf.gz | 500.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6i4n_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6i4n_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/6i4n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6i4oC 6rioC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3706.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-K4Z / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 100 mM / Label: D2O / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 |
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代表構造 | 選択基準: most represented cluster | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry 計算したコンフォーマーの数: 5000 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |