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- PDB-6i3t: Crystal structure of murine neuroglobin bound to CO at 40 K. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i3t
タイトルCrystal structure of murine neuroglobin bound to CO at 40 K.
要素Neuroglobin
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Oxygen transport/storage / carbon monoxide / photodissociation
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globin domain profile. / Globin / Globin / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CARBON MONOXIDE / FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Savino, C. / Montemiglio, L.C. / Ardiccioni, C. / Exertier, C.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Ligand pathways in neuroglobin revealed by low-temperature photodissociation and docking experiments.
著者: Ardiccioni, C. / Arcovito, A. / Della Longa, S. / van der Linden, P. / Bourgeois, D. / Weik, M. / Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Avella, G. / Exertier, C. / Carpentier, P. / Prange, T. / ...著者: Ardiccioni, C. / Arcovito, A. / Della Longa, S. / van der Linden, P. / Bourgeois, D. / Weik, M. / Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Avella, G. / Exertier, C. / Carpentier, P. / Prange, T. / Brunori, M. / Colloc'h, N. / Vallone, B.
履歴
登録2018年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,09812
ポリマ－16,8951
非ポリマー1,20311
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.056, 88.056, 110.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-328-

HOH

21A-389-

HOH

31A-391-

HOH

41A-396-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 16895.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ER97

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非ポリマー , 6種, 107分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NA ACETATE, 2M NA FORMATE, PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 40 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.63 Å / Num. obs: 11287 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Num. unique obs: 1614 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1q1f

1q1f


解像度: 2→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 4.069 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.186 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22175 539 4.8 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.16989 10747 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 82 96 1350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211801
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4672.0592474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6185232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04221.36488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.09715310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1031527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021473
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2890.2963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21167
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2190.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7461.51050
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31321715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9963751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0824.5750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 41 -
Rwork0.168 772 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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