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- PDB-5mjd: metNgb under oxygen at 80 bar -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mjd
タイトルmetNgb under oxygen at 80 bar
要素Neuroglobin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / oxygen complex storage cavity
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Prange, T. / Colloc'h, N. / Carpentier, P.
引用
ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Ligand pathways in neuroglobin revealed by low-temperature photodissociation and docking experiments.
著者: Ardiccioni, C. / Arcovito, A. / Della Longa, S. / van der Linden, P. / Bourgeois, D. / Weik, M. / Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Avella, G. / Exertier, C. / Carpentier, P. / Prange, T. / ...著者: Ardiccioni, C. / Arcovito, A. / Della Longa, S. / van der Linden, P. / Bourgeois, D. / Weik, M. / Montemiglio, L.C. / Savino, C. / Avella, G. / Exertier, C. / Carpentier, P. / Prange, T. / Brunori, M. / Colloc'h, N. / Vallone, B.
#1: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2005
タイトル: Neuroglobin, nitric oxide, and oxygen: functional pathways and conformational changes.
著者: Brunori, M. / Giuffre, A. / Nienhaus, K. / Nienhaus, G.U. / Scandurra, F.M. / Vallone, B.
履歴
登録2016年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation.country ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.42019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3794
ポリマ－16,6351
非ポリマー7453
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.819, 87.819, 113.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

21A-427-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 16634.871 Da / 分子数: 1 / 変異: S-C / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: contains in the storage site a dioxygen molecule / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ngb / プラスミド: pET24B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9ER97
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % / 解説: DEEP RED CUBES
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M MES,PH6.5, 10%(V/V) DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.8859 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45.49 Å / Num. all: 102328 / Num. obs: 17697 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured obs: 14539 / Num. unique all: 2592 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1OJ6

1oj6


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 2.172 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24172 830 4.7 %RANDOM
Rwork0.17888 ---
obs0.18153 16853 94.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.873 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å2-0 Å2
2--0.11 Å2-0 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 0 50 128 1350
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0191280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021194
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7792.0271748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.01332746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3925149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11721.96456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21615215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9681514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7022.996596
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6932.987595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1144.473745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1114.485746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2743.352684
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2783.36677
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2914.862997
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.35225.0761640
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.21324.4761578
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 75 -
Rwork0.224 1226 -
obs--95.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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