PDB-6i3p: Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp22 with bound ssRNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i3p

タイトル

Crystal structure of DEAH-box ATPase Prp22 with bound ssRNA

要素

Putative pre-mRNA splicing factor
RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

キーワード

HYDROLASE / Splicing / DEAH / ATPase / helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

spliceosomal complex disassembly / catalytic step 2 spliceosome / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Hamann, F. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for RNA translocation by DEAH-box ATPases.
著者: Hamann, F. / Enders, M. / Ficner, R.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年7月3日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i3p.cif.gz	1019.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i3p.ent.gz	848.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i3p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i3p_validation.pdf.gz	495.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i3p_full_validation.pdf.gz	520.6 KB	表示
XML形式データ	6i3p_validation.xml.gz	82.2 KB	表示
CIF形式データ	6i3p_validation.cif.gz	113.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i3p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/6i3p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6i3oC 6qicC 6qidC 6qieC 6fa5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qic-2 6qic-4 6qic-3 6qic-1 5u0c-2 5u0c-4 5u0c-5 5hmy-d 6ej5-d 7bv5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative pre-mRNA splicing factor

E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

B: Putative pre-mRNA splicing factor

F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

C: Putative pre-mRNA splicing factor

G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

D: Putative pre-mRNA splicing factor

H: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

318 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Putative pre-mRNA splicing factor

E: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
79.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative pre-mRNA splicing factor

F: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Putative pre-mRNA splicing factor

G: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Putative pre-mRNA splicing factor

H: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
79.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	139.790, 140.500, 159.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LEU	LEU	A	A	549 - 1175	4 - 630
2	1	SER	SER	LEU	LEU	B	C	549 - 1175	4 - 630
1	2	SER	SER	ALA	ALA	A	A	549 - 1176	4 - 631
2	2	SER	SER	ALA	ALA	C	E	549 - 1176	4 - 631
1	3	SER	SER	THR	THR	A	A	549 - 1178	4 - 633
2	3	SER	SER	THR	THR	D	G	549 - 1178	4 - 633
1	4	SER	SER	LYS	LYS	B	C	549 - 1174	4 - 629
2	4	SER	SER	LYS	LYS	C	E	549 - 1174	4 - 629
1	5	SER	SER	LYS	LYS	B	C	549 - 1174	4 - 629
2	5	SER	SER	LYS	LYS	D	G	549 - 1174	4 - 629
1	6	ASN	ASN	ALA	ALA	C	E	547 - 1176	2 - 631
2	6	ASN	ASN	ALA	ALA	D	G	547 - 1176	2 - 631

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Putative pre-mRNA splicing factor 分子量: 76396.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035640 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S700
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPUPUPUPUPUPUPUPUPU)-3') 分子量: 3016.700 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM Bis-Tris propane pH8.5, 250mM NaF, 22% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9919 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9919 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→49.24 Å / Num. obs: 82130 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.791 % / B_iso Wilson estimate: 72.839 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.11 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.062 / Net I/σ(I): 14.28 / Num. measured all: 639883 / Scaling rejects: 43

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.75-2.87	8.154	1.469	1.51	9753	0.75	1.567	100
2.87-3	7.937	0.991	2.28	8877	0.83	1.059	99.9
3-3.2	7.748	0.657	3.41	11039	0.918	0.704	100
3.2-3.4	8.206	0.38	6.23	8592	0.975	0.406	100
3.4-3.7	7.853	0.199	10.64	9705	0.991	0.214	100
3.7-4.2	7.776	0.103	17.67	10639	0.997	0.111	100
4.2-5	7.596	0.058	26.99	9450	0.999	0.062	100
5-6	7.767	0.056	27.91	5821	0.999	0.06	100
6-8	7.198	0.043	32.7	4704	0.999	0.046	99.9
8-10	7.467	0.023	50.26	1709	1	0.025	100
10-20	6.436	0.02	54.64	1613	1	0.022	99.8
20-50	4.061	0.024	43.03	228	0.998	0.028	94.6
49.24-50

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6fa5

6fa5

解像度: 2.75→49.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 42.838 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.363
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2531	4107	5 %	RANDOM
R_work	0.2218	-	-	-
obs	0.2233	78023	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.68 Å² / B_iso mean: 72.077 Å² / B_iso min: 47.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19804	736	0	0	20540
残基数	-	-	-	-	2549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	21018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	19429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.772	1.641	28638
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.283	1.597	45177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.845	5	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.536	22.016	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.345	15	3552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.936	15	142
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	22664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	4234

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	18690
1	2	B	18690
2	1	A	18759
2	2	C	18759
3	1	A	18853
3	2	D	18853
4	1	B	18748
4	2	C	18748
5	1	B	18666
5	2	D	18666
6	1	C	19071
6	2	D	19071

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	298	-
R_work	0.373	5668	-
all	-	5966	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5565	0.0616	-0.5171	1.4352	-0.1286	0.818	0.0137	-0.1151	0.0672	0.1877	0.0192	-0.1893	-0.0672	0.0751	-0.0329	0.0554	0.0551	-0.0538	0.1394	-0.0247	0.2594	-2.2543	9.9114	-41.2406
2	2.1579	0.3521	-2.0645	1.3206	-1.4016	2.8931	0.1126	-0.1728	-0.4794	-0.2043	-0.0655	0.5676	0.0414	0.1338	-0.0471	0.1183	0.1197	-0.1694	0.2287	-0.0305	0.6381	-5.7058	-0.2221	-42.6145
3	1.474	0.1767	0.3748	1.1576	0.1288	0.9502	-0.0525	-0.0989	0.0178	0.1145	0.0017	0.0434	0.0778	-0.0902	0.0508	0.0518	0.0393	0.0486	0.0974	-0.0191	0.239	-75.7356	-10.3797	-40.8225
4	0.0947	-0.1544	0.033	6.1414	-2.4141	3.669	0.0585	0.0255	0.142	-0.1001	-0.412	-0.4719	0.0646	0.1353	0.3536	0.0611	0.0729	0.0431	0.1966	-0.0033	0.3282	-72.2771	-0.2018	-41.6866
5	0.6486	0.0912	0.0051	1.7159	-0.2925	0.8742	-0.0187	0.0219	-0.0027	-0.0656	-0.0345	-0.138	0.1173	-0.0192	0.0532	0.0648	0.0348	0.0056	0.037	-0.0402	0.2949	-40.9897	-37.0891	-0.1109
6	0.9447	0.8464	-0.7188	2.5808	-1.4822	3.5843	0.0651	-0.1984	0.2804	0.2313	-0.0729	-0.4364	0.2213	-0.0613	0.0078	0.2374	0.0495	0.0259	0.0907	-0.0546	0.4352	-30.8403	-33.4335	1.3453
7	0.8428	0.245	-0.049	1.8138	0.1337	0.6992	-0.0289	0.0474	0.027	-0.0372	0.0044	0.0019	-0.1166	0.0131	0.0245	0.1461	0.0372	-0.0685	0.0381	0.0272	0.2453	-21.8434	36.9857	0.8393
8	0.5364	0.9454	1.0013	2.3554	2.9805	4.158	-0.1766	-0.2611	0.0036	-0.2055	-0.0067	0.2608	-0.1147	0.3614	0.1834	0.2246	0.1293	-0.0404	0.4484	0.1183	0.5647	-31.986	33.3708	2.6516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	549 - 1178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	549 - 1175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	F	1 - 10
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	546 - 1177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	G	1 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	547 - 1178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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