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万見
- PDB-6i34: Crystal structure of Neanderthal glycine decarboxylase (P-protein) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i34
タイトルCrystal structure of Neanderthal glycine decarboxylase (P-protein)
要素Neanderthal Glycine decarboxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / mitochondrial / glycine decarboxylase / glycine cleavage system P-protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methylamine / response to lipoic acid / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding ...response to methylamine / response to lipoic acid / glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring) / pyridoxal binding / glycine dehydrogenase (decarboxylating) activity / glycine catabolic process / Glycine degradation / glycine decarboxylation via glycine cleavage system / glycine cleavage complex / glycine binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / pyridoxal phosphate binding / electron transfer activity / lyase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycine dehydrogenase (decarboxylating) / Glycine cleavage system P protein / : / : / Glycine cleavage system P-protein / Glycine dehydrogenase, C-terminal domain / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glycine dehydrogenase (decarboxylating), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens neanderthalensis (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Van Laer, B. / Kapp, U. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural insights in human glycine decarboxylase and comparison with the Neanderthal variant
著者: Van Laer, B. / Kapp, U. / Signor, L. / Leonard, G. / Mueller-Dieckmann, C.
履歴
登録2018年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neanderthal Glycine decarboxylase
B: Neanderthal Glycine decarboxylase
C: Neanderthal Glycine decarboxylase
D: Neanderthal Glycine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,84729
ポリマ－438,1854
非ポリマー2,66225
水24,4821359
1
A: Neanderthal Glycine decarboxylase
B: Neanderthal Glycine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,35614
ポリマ－219,0922
非ポリマー1,26312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11160 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area59360 Å2
手法PISA
2
C: Neanderthal Glycine decarboxylase
D: Neanderthal Glycine decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,49215
ポリマ－219,0922
非ポリマー1,39913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area58930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.873, 124.381, 201.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGPROPROAA51 - 10048 - 961
21ARGARGPROPROBB51 - 10048 - 961
12ALAALAMETMETAA49 - 10056 - 962
22ALAALAMETMETCC49 - 10056 - 962
13LEULEUPROPROAA52 - 10049 - 961
23LEULEUPROPRODD52 - 10049 - 961
14ARGARGPROPROBB51 - 10048 - 961
24ARGARGPROPROCC51 - 10048 - 961
15LEULEUPROPROBB52 - 10039 - 960
25LEULEUPROPRODD52 - 10039 - 960
16LEULEUPROPROCC52 - 10049 - 961
26LEULEUPROPRODD52 - 10049 - 961

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Neanderthal Glycine decarboxylase


分子量: 109546.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens neanderthalensis (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P23378*PLUS, glycine dehydrogenase (aminomethyl-transferring)

-
非ポリマー , 5種, 1384分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7, 6 % PEG3350, 10 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.9 Å / Num. obs: 245944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / CC1/2: 0.64 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6I33

6i33


解像度: 2.1→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.19 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 12259 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 233556 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.86 Å20 Å21.66 Å2
2--0.85 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29751 0 169 1359 31279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01430604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01727416
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.65941390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6191.63864404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.14953815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.46421.9251600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.541155209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.27715215
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.23952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0234416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.025480
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6091.33115266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6081.33115265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4061.98819079
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4061.98819080
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5511.61215338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5511.61215338
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8172.30422312
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.1216.3333395
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.11316.15233224
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A314650.07
12B314650.07
21A320150.05
22C320150.05
31A315750.07
32D315750.07
41B315140.07
42C315140.07
51B318370.06
52D318370.06
61C315400.06
62D315400.06
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 853 -
Rwork0.348 17305 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.63490.048-0.00770.7242-0.05550.54630.02950.0890.0475-0.04550.01580.0228-0.00940.0202-0.04520.23820.0108-0.13760.01370.00050.09097.783-25.508-4.126
20.56410.05930.12850.9382-0.06790.70530.0454-0.2090.05310.3765-0.0053-0.11670.00060.1004-0.04010.4645-0.0001-0.20680.1617-0.04350.109721.171-28.58637.62
30.6375-0.03120.02970.71540.04990.5390.0488-0.09690.04220.0405-0.0008-0.0145-0.0044-0.0161-0.04790.2395-0.0178-0.13630.01550.00080.0912-22.81535.054103.647
40.5822-0.07260.20110.85490.01030.70540.07380.180.0266-0.3492-0.03240.11430.0271-0.0378-0.04130.45780.0231-0.20510.13630.03030.1075-36.06331.90161.832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 1005
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 1004
3X-RAY DIFFRACTION3C49 - 1005
4X-RAY DIFFRACTION4D52 - 1004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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