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- PDB-6i30: Crystal structure of the AmpC from Pseudomonas aeruginosa with 1C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i30
タイトルCrystal structure of the AmpC from Pseudomonas aeruginosa with 1C
要素Class C beta-lactamase PDC-301
キーワードHYDROLASE / cyclic boronates / antimicrobial resistance / beta-lactamase / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6S / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Brem, J. / Cahill, S.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2019
タイトル: Studies on the inhibition of AmpC and other beta-lactamases by cyclic boronates.
著者: Cahill, S.T. / Tyrrell, J.M. / Navratilova, I.H. / Calvopina, K. / Robinson, S.W. / Lohans, C.T. / McDonough, M.A. / Cain, R. / Fishwick, C.W.G. / Avison, M.B. / Walsh, T.R. / Schofield, C.J. / Brem, J.
履歴
登録2018年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class C beta-lactamase PDC-301
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6162
ポリマ－39,2991
非ポリマー3171
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.040, 75.340, 100.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Class C beta-lactamase PDC-301


分子量: 39299.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaPDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z4BUZ1
#2: 化合物 ChemComp-C6S / (3R)-3-(cyclohexylcarbonylamino)-2-oxidanyl-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid


分子量: 317.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20BNO5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Zinc acetate dihydrate, 0.1 M Imidazole pH = 8.0 20 % w/v PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→21.962 Å / Num. obs: 17758 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.99 % / Biso Wilson estimate: 26.25 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 9.39
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.21-2.276.9810.7742.6424760.3940.836100
2.27-2.337.1270.7342.8923920.4830.792100
2.33-2.47.1130.623.3523200.620.669100
2.4-2.477.0140.6383.1922360.620.689100
2.47-2.556.760.5973.4322030.7070.64799.9
2.55-2.646.8410.5233.9720940.7950.566100
2.64-2.747.1450.4474.6620670.8560.482100
2.74-2.856.9560.3915.3419840.8940.423100
2.85-2.986.8450.346.1618790.9410.368100
2.98-3.137.2540.2897.3917800.9590.31199.9
3.13-3.297.2010.2328.9817180.9750.25100
3.29-3.496.9530.1711.6516410.9870.183100
3.49-3.746.6120.12714.7214960.9910.13899.3
3.74-4.047.0590.09918.7214250.9950.106100
4.04-4.426.70.07821.5912950.9970.08599.8
4.42-4.947.1280.06726.1111830.9970.073100
4.94-5.717.1350.06524.0810300.9980.07100
5.71-6.996.80.07421.798930.9970.0899.9
6.99-9.887.0430.04332.46740.9990.04699.7
9.88-21.9627.1890.03239.123490.9990.03490.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wyy

4wyy


解像度: 2.21→21.962 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 894 5.03 %
Rwork0.2211 --
obs0.2229 17758 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.78 Å2 / Biso mean: 36.1068 Å2 / Biso min: 10.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→21.962 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2625 0 23 89 2737
Biso mean--25.06 29.15 -
残基数----358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5883749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041410
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2361609
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2101-2.34840.3141330.299627722905
2.3484-2.52950.34981560.279127632919
2.5295-2.78360.30241440.259527672911
2.7836-3.18530.26341550.22627812936
3.1853-4.00920.22351310.190628392970
4.0092-21.9630.21891750.187329423117
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64290.14150.28530.15790.26440.44980.0048-0.4862-0.07160.13770.005-0.05220.04560.0151-0.40440.29760.0171-0.04731.21-0.23330.21195.37784.56884.0732
23.89420.00860.18431.0305-0.28091.84080.09110.0491-0.1363-0.15250.0284-0.03490.0257-0.1983-0.08990.20910.0164-0.00930.1382-0.03860.1802-8.87116.437-24.0649
32.8674-0.33110.53411.5166-0.29041.9170.1089-0.9428-0.222-0.0124-0.09610.2751-0.0401-0.0113-0.01080.1957-0.07160.02210.3567-0.02240.2374-16.27466.9345-12.7542
42.65451.7949-0.68732.24710.40520.97220.1863-0.3903-0.77830.00130.0426-0.05420.21290.1206-0.17290.26640.0047-0.09090.06910.03450.51820.8983-3.7909-17.7715
50.72220.635-0.42420.72080.00631.38260.1237-0.1316-0.2448-0.07450.0484-0.04370.07520.4337-0.09840.29010.0566-0.0450.1487-0.1590.35534.39853.5628-21.4202
64.04591.2493-0.72434.99932.46664.37240.1894-0.9618-0.075-0.0139-0.0073-0.33680.18010.0872-0.16330.1825-0.0376-0.02950.3238-0.01010.15273.56433.578-7.5133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 49 )A30 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 193 )A50 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 194 through 254 )A194 - 254
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 255 through 314 )A255 - 314
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 315 through 349 )A315 - 349
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 350 through 387 )A350 - 387

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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