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- PDB-6i2q: Crystal structure of the wild-type SucA domain of Mycobacterium s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i2q
タイトルCrystal structure of the wild-type SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD (alpha-ketoglutarate decarboxylase), in complex with GarA
要素
  • Glycogen accumulation regulator GarA
  • Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxoglutarate dehydrogenase / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
TPP helical domain / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain / Rossmann fold - #12470 / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / : ...TPP helical domain / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain / Rossmann fold - #12470 / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / : / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Thiamin diphosphate-binding fold / Helix Hairpins / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Glycogen accumulation regulator GarA / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wagner, T. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the functional versatility of an FHA domain protein in mycobacterial signaling.
著者: Wagner, T. / Andre-Leroux, G. / Hindie, V. / Barilone, N. / Lisa, M.N. / Hoos, S. / Raynal, B. / Vulliez-Le Normand, B. / O'Hare, H.M. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年5月22日ID: 2XT9
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
B: Glycogen accumulation regulator GarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7695
ポリマ－109,2792
非ポリマー4903
水6,413356
1
A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
B: Glycogen accumulation regulator GarA
ヘテロ分子

A: Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
B: Glycogen accumulation regulator GarA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,53710
ポリマ－218,5584
非ポリマー9796
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.250, 167.846, 102.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / HOAS / 2-oxoglutarate carboxy-lyase / 2-oxoglutarate ...2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / HOAS / 2-oxoglutarate carboxy-lyase / 2-oxoglutarate decarboxylase / Alpha-ketoglutarate decarboxylase / KGD / Alpha-ketoglutarate-glyoxylate carboligase


分子量: 97166.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: kgd, sucA, MSMEG_5049, MSMEI_4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: タンパク質 Glycogen accumulation regulator GarA


分子量: 12112.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: garA, MSMEG_3647, MSMEI_3561 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QYG2

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非ポリマー , 4種, 359分子

#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Hepes-Na pH 7.0, 50% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.83 Å / Num. obs: 65695 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 44.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.747 / Rpim(I) all: 0.361

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YIC

2yic


解像度: 2.15→31.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.163 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 3372 5.14 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 65660 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.4162 Å20 Å20 Å2
2--3.5579 Å20 Å2
3---1.8582 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→31.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7167 0 28 356 7551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017354HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.999969HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3416SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1294HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7354HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.49
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion944SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8762SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 282 5.94 %
Rwork0.2051 4464 -
all0.208 4746 -
obs--98.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9259-0.17090.01330.4488-0.19921.46430.0414-0.0781-0.18920.0114-0.1117-0.06250.29710.09290.07020.1823-0.0113-0.02220.04820.04250.17153.138-15.82911.861
20.87930.0161-0.14740.56210.26562.1650.0881-0.13980.20120.0942-0.08320.1275-0.4921-0.7964-0.00490.15740.17640.05730.3459-0.06220.131719.2315.68913.008
34.20151.7389-0.43024.6489-0.26467.0496-0.1211-1.0595-0.63590.2499-0.2406-0.08371.15750.12050.36170.4969-0.07120.04210.34480.27770.29550.498-31.9941.422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|361 - A|813 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|831 - A|2002 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|51 - B|147 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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