PDB-6i2j: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor mutant (Q48...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6i2j

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor mutant (Q482A) from Pseudomonas aeruginosa (PfeA) in complex with enterobactin

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PfeA / PA2688 / outer membrane receptor / protochelin

機能・相同性

機能・相同性情報

siderophore transmembrane transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model.
著者: Moynie, L. / Milenkovic, S. / Mislin, G.L.A. / Gasser, V. / Malloci, G. / Baco, E. / McCaughan, R.P. / Page, M.G.P. / Schalk, I.J. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2018年11月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6i2j.cif.gz	287.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6i2j.ent.gz	235.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6i2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6i2j_validation.pdf.gz	893.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6i2j_full_validation.pdf.gz	900 KB	表示
XML形式データ	6i2j_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	6i2j_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i2/6i2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m9bSC 5mzsC 5nc4C 5nr2C 5outC 6q5eC 6r1fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nc4-d 6z2n-d 5mzs-d 6y47-d 5nr2-d 6r1f-d 5nc3-d 5m9b-d 6q5e-d 6z33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.964, 158.288, 78.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78428.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-EB4 / N,N',N''-[(3S,7S,11S)-2,6,10-trioxo-1,5,9-trioxacyclododecane-3,7,11-triyl]tris(2,3-dihydroxybenzamide) / Enterobactin / エンテロバクチン分子量: 669.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₂₇N₃O₁₅
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.31 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000 ADA Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.96→79.14 Å / Num. obs: 21785 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 2.96→3 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.627 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M9B

5m9b

解像度: 2.96→79.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.864 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.867 / SU B: 63.656 / SU ML: 0.465 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.534 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31574	1024	5.1 %	RANDOM
R_work	0.30109	-	-	-
obs	0.30187	18979	85.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.973 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.96→79.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5366	0	49	1	5416

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5529
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4866
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.958	7505
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3	11309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.584	5	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.873	24.307	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.037	15	878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.065	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	6351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.543	5.266	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.542	5.266	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.523	7.899	3487
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.523	7.899	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.416	5.59	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.378	5.588	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.29	8.294	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.998		23146
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.999		23147
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.956→3.033 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.51	82	-
R_work	0.379	1454	-
obs	-	-	90.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	198.2386	50.7196	44.5989	12.9858	11.3896	10.1025	-2.3611	6.2192	1.7754	-0.5935	1.6288	0.3296	-0.5336	1.4566	0.7323	1.0103	0.4654	-0.4438	1.3843	-0.2397	1.917	-82.3136	14.2645	80.7908
2	3.5009	0.098	0.1023	1.7958	0.3667	6.0896	0.2117	-0.1927	-0.2841	-0.481	-0.0941	-0.2328	0.1739	-0.1384	-0.1176	0.1944	0.0002	0.0476	0.0377	-0.0481	0.3438	-85.695	27.6318	91.5707
3	1.5288	0.0881	0.5945	2.8575	0.3532	4.6448	-0.0714	-0.1285	0.1268	-0.4934	-0.1602	0.1291	-0.3665	-1.0513	0.2316	0.278	0.1026	-0.0658	0.2703	-0.0603	0.4689	-98.6703	34.3387	92.8765
4	1.6422	0.3893	-1.2667	2.3648	-0.9782	10.5682	0.164	-0.1726	0.409	-0.3665	0.0204	-0.1913	-1.0425	0.1572	-0.1844	0.2261	-0.0554	0.0436	0.0679	-0.0852	0.4545	-87.7003	39.6589	92.2686
5	7.8552	2.2484	-5.2519	1.3463	-2.3019	10.3764	0.3313	-0.281	0.6894	-0.1939	0.0945	0.0962	-0.9271	0.054	-0.4257	0.3854	-0.0373	-0.0375	0.0943	-0.1442	0.4838	-88.9782	41.8229	96.1297
6	2.6397	0.6253	-0.5713	2.0945	0.2719	6.7823	0.1906	-0.1904	0.356	-0.2109	0.12	-0.2431	-0.6999	0.2051	-0.3106	0.2183	-0.0434	0.0697	0.0352	-0.0972	0.5081	-80.0321	40.568	97.1517
7	2.1905	0.4791	0.2955	2.0419	0.9551	3.8088	0.1728	-0.4802	-0.3796	-0.1209	0.3068	-0.6193	0.4055	0.8109	-0.4795	0.2293	0.0201	0.0051	0.3337	-0.0511	0.6173	-72.2927	25.4773	99.7945
8	5.4993	-0.2345	3.8475	2.2273	2.9287	7.7793	0.162	0.4402	-0.4791	0.125	-0.0575	-0.1406	0.8255	0.4077	-0.1045	0.7905	-0.1269	0.0049	0.2054	0.1958	0.5547	-90.6119	11.8635	93.7136
9	2.8608	-0.1146	0.2326	2.3567	-0.1791	3.6193	0.1839	-0.4474	-0.4553	-0.0197	-0.1878	0.1588	0.6261	-0.765	0.0039	0.4316	-0.2524	-0.0141	0.2772	0.0032	0.4772	-98.5766	19.4827	99.9603

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	243 - 271
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	272 - 299
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	300 - 355
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	356 - 584
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	585 - 635
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	636 - 721

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)