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万見
- PDB-6i1w: Structure of the RNA duplex containing pseudouridine residue (5'-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1w
タイトルStructure of the RNA duplex containing pseudouridine residue (5'-Gp(PSU)pC-3' sequence context)
要素
  • RNA (5'-R(*AP*CP*UP*GP*AP*CP*UP*GP*A)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*CP*AP*GP*(PSU)P*CP*AP*GP*U)-3')
キーワードRNA / duplex / pseudouridine
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Deb, I. / Popenda, L. / Sarzynska, J. / Gdaniec, Z.
資金援助 イタリア, ポーランド, 3件
組織認可番号国
S/IND 15-05 イタリア
UMO-2013/08/A/ST5/00295 ポーランド
UMO-2017/25/B/ST5/00971 ポーランド
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Computational and NMR studies of RNA duplexes with an internal pseudouridine-adenosine base pair.
著者: Deb, I. / Popenda, L. / Sarzynska, J. / Malgowska, M. / Lahiri, A. / Gdaniec, Z. / Kierzek, R.
履歴
登録2018年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*GP*(PSU)P*CP*AP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*GP*AP*CP*UP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6882
ポリマ－5,6882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1440 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area3430 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*AP*GP*(PSU)P*CP*AP*GP*U)-3')


分子量: 2832.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*UP*GP*AP*CP*UP*GP*A)-3')


分子量: 2855.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
332isotropic12D 1H-1H NOESY
141isotropic12D DQF-COSY
151isotropic12D 1H-13C HSQC
161isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
171isotropic12D 1H-31P COSY
181isotropic12D 1H-31P HETERO TOCSY-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM pUCAG(PSU)CAGU, 0.5 mM pACUGACUGA, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 100% D2Oseq_b_D2O100% D2O
solution20.5 mM pUCAG(PSU)CAGU, 0.5 mM pACUGACUGA, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2Oseq_b_H2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMpUCAG(PSU)CAGUnatural abundance1
0.5 mMpACUGACUGAnatural abundance1
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
0.5 mMpUCAG(PSU)CAGUnatural abundance2
0.5 mMpACUGACUGAnatural abundance2
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
0.1 mMEDTAnatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
10.16 M25C6.8ambient atm298 K
20.16 M30C6.8ambient atm303 K
30.16 M15C6.8ambient atm288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
FelixAccelrys Software Inc.peak picking
FelixAccelrys Software Inc.chemical shift assignment
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing6
simulated annealing7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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