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万見
- PDB-6i1m: Secreted type 1 cystatin from Fasciola hepatica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1m
タイトルSecreted type 1 cystatin from Fasciola hepatica
要素Cystatin
キーワードHydrolase inhibitor / cystatin / stefin / protease inhibitor / fasciola hepatica
機能・相同性Cystatin superfamily / IODIDE ION / Type-1 cystatin cysteine protease inhibitor / Cystatin
機能・相同性情報
生物種Fasciola hepatica (かんてつ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Busa, M. / Rezacova, P. / Pachl, P. / Stefanic, S. / Mares, M.
資金援助 チェコ, 3件
組織認可番号国
European Regional Development FundCZ.02.1.01/0.0/0.0/16_019/0000729 チェコ
Czech Academy of Sciences61388963 チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLO1304 チェコ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: An evolutionary molecular adaptation of an unusual stefin from the liver fluke Fasciola hepatica redefines the cystatin superfamily.
著者: Busa, M. / Matouskova, Z. / Bartosova-Sojkova, P. / Pachl, P. / Rezacova, P. / Eichenberger, R.M. / Deplazes, P. / Horn, M. / Stefanic, S. / Mares, M.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0533
ポリマ－9,7991
非ポリマー2542
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area5800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.878, 67.177, 44.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

IOD

21A-273-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cystatin


分子量: 9799.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: IRG: N-terminal cloning artifact AAAHHHHHH: C-terminal His-tag E36V, I54T: natural mutations found in the sequence (compared to GenBank AAV68752.1)
由来: (組換発現) Fasciola hepatica (かんてつ) / 遺伝子: Cyt / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q17TZ2, UniProt: A0A2H1BUS1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % / 解説: very small needles in phase separation
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.0M Ammonium Sulfate 0.1M Sodium Iodide 0.1M Sodium HEPES 7.5 5% v/v PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184, 1.5
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21.51
反射解像度: 1.6→46.67 Å / Num. obs: 13043 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.717 % / Biso Wilson estimate: 26.772 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 1.17 / Net I/σ(I): 7.94 / Num. measured all: 87605
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.696.5721.9210.8820580.4342.08697.8
1.69-1.817.0371.2881.4819820.6851.39199.9
1.81-1.966.7810.6952.8218140.9170.75297.8
1.96-2.146.7640.4094.7617060.9430.44499.8
2.14-2.396.9650.2617.2814740.9780.28394.4
2.39-2.766.6860.16410.5413690.990.17899.6
2.76-3.386.7970.0918.4711780.9960.09799.1
3.38-4.776.1490.05925.679090.9970.06598.3
4.77-46.675.9260.05227.575530.9980.05799.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→46.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2616 653 5 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2189 12390 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.33 Å2 / Biso mean: 26.132 Å2 / Biso min: 16.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.83 Å20 Å2-0 Å2
2---1.32 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数684 0 2 98 784
Biso mean--23.39 36.18 -
残基数----93
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0470.013727
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.017681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2321.6491000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3621.5611589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4945100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.69620.825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.28115118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.047154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02144
LS精密化 シェル解像度: 1.597→1.639 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 47 -
Rwork0.452 879 -
all-926 -
obs--95.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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