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万見
- PDB-6i03: D10N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i03
タイトルD10N variant of beta-phosphoglucomutase from Lactococcus lactis complexed with tetrafluoroaluminate and beta-G6P to 1.02 A
要素Beta-phosphoglucomutase
キーワードISOMERASE / phosphoglucomutase / metal fluoride / transition state analog
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-phosphoglucomutase / beta-phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily ...Beta-phosphoglucomutase / Beta-phosphoglucomutase hydrolase / : / Putative phosphatase; domain 2 / Phosphoglycolate phosphatase-like, domain 2 / HAD hydrolase, subfamily IA / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / Beta-phosphoglucomutase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å
データ登録者Robertson, A.J. / Waltho, J.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M021637/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K016245/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Proton transfer modulates the electrostatic environment in a general acid-base catalyzed phosphoryl transfer reaction
著者: Robertson, A.J. / Bisson, C. / Waltho, J.P.
履歴
登録2018年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-phosphoglucomutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6755
ポリマ－24,2651
非ポリマー4104
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, Homology to previously deposited PDB files 2WF6 and 5OK2. Furthermore, NMR spectroscopy was used to confirm the presence of the complex with tetrafluoroaluminate and glucose 6-phosphate.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.520, 54.280, 104.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Beta-phosphoglucomutase / Beta-PGM


分子量: 24264.646 Da / 分子数: 1 / 変異: D10N, K125R, Y206H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 (乳酸菌)
遺伝子: pgmB, LL0429, L0001 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P71447, beta-phosphoglucomutase
#3: 糖 ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
b-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 234分子

#2: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 24-34% PEG 4000 200 mM sodium acetate 50 mM TRIS, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.02→37.52 Å / Num. obs: 106736 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.02→1.05 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.917 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6606 / CC1/2: 0.542 / Rpim(I) all: 0.589 / Rrim(I) all: 1.209 / % possible all: 82.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WF6

2wf6


解像度: 1.02→35.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.055 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1747 5373 5 %RANDOM
Rwork0.15147 ---
obs0.15265 101274 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å2-0 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.02→35.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 23 231 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0171909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.6452751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.521.5884452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9575262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31724.21996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.84915346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.779158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9121.3421035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8561.3391034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9742.0181302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0652.0241303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1371.556987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1381.556987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3922.2511450
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.63116.4832019
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.45115.9821962
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr24.17233930
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.1275140
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.74453984
LS精密化 シェル解像度: 1.02→1.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 330 -
Rwork0.33 6273 -
obs--82.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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