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- PDB-6hzv: HUMAN JAK3 IN COMPLEX WITH LASW959 PROTEIN IN COMPLEX WITH LIGAND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hzv
タイトルHUMAN JAK3 IN COMPLEX WITH LASW959 PROTEIN IN COMPLEX WITH LIGAND
要素Tyrosine-protein kinase JAK3
キーワードPROTEIN BINDING / PROTEIN KINASE / JANUS KINASE / JAK3 / Proteros Biostructures GMBH
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / negative regulation of FasL production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / negative regulation of FasL production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / interleukin-7-mediated signaling pathway / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / regulation of T cell apoptotic process / interleukin-2-mediated signaling pathway / negative regulation of interleukin-12 production / tyrosine phosphorylation of STAT protein / interleukin-15-mediated signaling pathway / negative regulation of thymocyte apoptotic process / Interleukin-15 signaling / Interleukin-2 signaling / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor binding / extrinsic component of plasma membrane / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytokine-mediated signaling pathway / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cytoplasmic side of plasma membrane / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / intracellular signal transduction / endosome / protein phosphorylation / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GYW / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Lozoya, E. / Segarra, V. / Bach, J. / Jestel, A. / Lammens, A. / Blaesse, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Identification of 2-Imidazopyridine and 2-Aminopyridone Purinones as Potent Pan-Janus Kinase (JAK) Inhibitors for the Inhaled Treatment of Respiratory Diseases.
著者: Bach, J. / Eastwood, P. / Gonzalez, J. / Gomez, E. / Alonso, J.A. / Fonquerna, S. / Lozoya, E. / Orellana, A. / Maldonado, M. / Calaf, E. / Alberti, J. / Perez, J. / Andres, A. / Prats, N. / ...著者: Bach, J. / Eastwood, P. / Gonzalez, J. / Gomez, E. / Alonso, J.A. / Fonquerna, S. / Lozoya, E. / Orellana, A. / Maldonado, M. / Calaf, E. / Alberti, J. / Perez, J. / Andres, A. / Prats, N. / Carreno, C. / Calama, E. / De Alba, J. / Calbet, M. / Miralpeix, M. / Ramis, I.
履歴
登録2018年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
C: Tyrosine-protein kinase JAK3
D: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3838
ポリマ－130,7614
非ポリマー1,6224
水1,928107
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0962
ポリマ－32,6901
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0962
ポリマ－32,6901
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0962
ポリマ－32,6901
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0962
ポリマ－32,6901
非ポリマー4051
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.072, 112.814, 104.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 907
2114B1 - 907
3114C1 - 907
4114D1 - 907
1124A908 - 2000
2124B908 - 2000
3124C908 - 2000
4124D908 - 2000

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK


分子量: 32690.301 Da / 分子数: 4 / 断片: KINASE DOMAIN / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-GYW / 3-[7-(2-hydroxyethyl)-9-(oxan-4-yl)-8-oxidanylidene-purin-2-yl]imidazo[1,2-a]pyridine-6-carbonitrile


分子量: 405.410 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS, 0.2M MgCl, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→43.23 Å / Num. obs: 47359 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.46→2.68 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.767 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
REFMAC5.2.0005位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YVJ

1yvj


解像度: 2.46→43.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 22.375 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.489 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27533 1000 2.1 %RANDOM
Rwork0.22278 ---
obs0.2239 46359 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 37.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.17 Å20 Å2-0.04 Å2
2---2.15 Å20 Å2
3---3.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→43.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8543 0 120 107 8770
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.927212024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7212.99818835
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.32551043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18822.802414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.985151520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7631583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1630.27925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.24259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.24798
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1760.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.99526819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.19122122
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19938488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.80744325
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.65963535
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1327medium positional0.330.5
12B1327medium positional0.360.5
13C1327medium positional0.390.5
14D1327medium positional0.330.5
21A2654medium positional0.280.5
22B2654medium positional0.310.5
23C2654medium positional0.260.5
24D2654medium positional0.220.5
11A1327medium thermal0.212
12B1327medium thermal0.222
13C1327medium thermal0.212
14D1327medium thermal0.22
21A2654medium thermal0.222
22B2654medium thermal0.22
23C2654medium thermal0.212
24D2654medium thermal0.22
LS精密化 シェル解像度: 2.461→2.524 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 73 -
Rwork0.334 3380 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9977-0.91770.958.4452-2.2631.14390.0331-0.006-0.3579-0.19080.13571.0450.0556-0.2416-0.1687-0.07460.0077-0.06840.0091-0.0410.042.38527.287-5.057
21.7771-0.14680.77732.86850.64343.4246-0.0148-0.2996-0.02120.3723-0.03840.21160.0043-0.2590.0531-0.102-0.03920.0255-0.0065-0.0069-0.082315.3739.78612.611
32.3398-1.158-0.86276.71370.90971.28210.0009-0.00880.2077-0.2570.0324-0.7774-0.0150.2639-0.0333-0.04980.00740.0313-0.00970.0153-0.074126.2798.314-4.762
41.6713-0.209-0.20843.2187-1.02323.4673-0.009-0.40.00160.4814-0.0285-0.0246-0.05820.16840.0375-0.0622-0.0566-0.01910.0354-0.0063-0.078513.01-3.65212.768
52.21510.2038-0.52555.4654-1.48121.7249-0.00620.05110.26470.18610.14880.58-0.0758-0.3275-0.1427-0.06240.00650.0305-0.02180.0056-0.093324.047-8.45952.295
61.646-0.2383-0.13.66881.10352.9004-0.06040.2377-0.0888-0.46430.099-0.044-0.0093-0.0159-0.0387-0.10480.0099-0.0217-0.0369-0.0134-0.092136.302-25.06137.757
72.48480.06710.36544.452-1.48552.2334-0.08590.0016-0.2767-0.09290.19650.56730.0692-0.2995-0.1107-0.0411-0.0041-0.0405-0.04490.00950.0228-4.488-47.2151.191
82.82830.44050.72695.1655-0.09163.03450.0721-0.41250.02830.88410.01890.4329-0.1716-0.096-0.09110.0149-0.04310.0651-0.0275-0.024-0.07918.128-30.69965.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A815 - 904
2X-RAY DIFFRACTION2A905 - 1098
3X-RAY DIFFRACTION3B815 - 904
4X-RAY DIFFRACTION4B905 - 1098
5X-RAY DIFFRACTION5C815 - 904
6X-RAY DIFFRACTION6C905 - 1098
7X-RAY DIFFRACTION7D815 - 904
8X-RAY DIFFRACTION8D905 - 1098

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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