ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0073精密化 XDSVERSION Nov 1, 2016データ削減 Aimless1.9.16データスケーリング MOLREP11.2.08位相決定 PDB_EXTRACT3.24 データ抽出
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : preliminary version of 6HZL解像度 : 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.954 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.938 / WRfactor Rfree : 0.2521 / WRfactor Rwork : 0.2157 / FOM work R set : 0.75 / SU B : 25.046 / SU ML : 0.252 / SU R Cruickshank DPI : 0.3942 / SU Rfree : 0.2583 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.394 / ESU R Free : 0.258 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2569 1503 4.9 % RANDOM Rwork 0.2225 - - - obs 0.2242 29347 99.82 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 235.7 Å2 / Biso mean : 99.671 Å2 / Biso min : 43.03 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.38 Å2 0.19 Å2 -0 Å2 2- - 0.38 Å2 -0 Å2 3- - - -1.23 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.4→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4954 0 0 21 4975 Biso mean - - - 64.04 - 残基数 - - - - 624
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.019 5061 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.003 0.02 4800 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.218 1.973 6861 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.789 3 11038 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.586 5 620 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.504 23.806 247 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg15.283 15 860 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.551 15 41 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.066 0.2 757 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.021 5717 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 1146
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 18139 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.05 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.382 108 - Rwork 0.337 2134 - all - 2242 - obs - - 99.91 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.1146 -0.7821 0.481 1.1105 0.3033 0.8495 -0.0447 -0.08 -0.203 -0.0204 -0.0335 0.1551 0.168 -0.1138 0.0783 0.2849 -0.0374 -0.0194 0.2713 -0.0192 0.0389 -22.579 -15.1012 -17.1247 2 3.2565 -1.0388 -0.5346 2.5741 -0.534 1.6545 0.0599 -0.0676 0.4281 -0.0017 0.2058 1.0464 -0.4773 -0.9879 -0.2657 0.6313 0.2391 -0.1599 1.2102 -0.0482 0.7554 -68.5803 11.4104 -15.1008
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A4 - 332 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B4 - 332