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- PDB-6hyj: PSPH Human phosphoserine phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hyj
タイトルPSPH Human phosphoserine phosphatase
要素Phosphoserine phosphatase
キーワードHYDROLASE / phosphoserine phosphatase / homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoserine phosphatase / Serine biosynthesis / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine metabolic process / L-serine biosynthetic process / response to testosterone / response to mechanical stimulus / dephosphorylation / response to nutrient levels / in utero embryonic development ...phosphoserine phosphatase / Serine biosynthesis / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine metabolic process / L-serine biosynthetic process / response to testosterone / response to mechanical stimulus / dephosphorylation / response to nutrient levels / in utero embryonic development / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoserine phosphatase; domain 2 / Phosphoserine phosphatase / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Phosphoserine phosphatase; domain 2 / Phosphoserine phosphatase / HAD superfamily/HAD-like / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOSERINE / SERINE / Phosphoserine phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.929 Å
データ登録者Wouters, J. / Haufroid, M. / Mirgaux, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structures and snapshots along the reaction pathway of human phosphoserine phosphatase.
著者: Haufroid, M. / Mirgaux, M. / Leherte, L. / Wouters, J.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02019年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB ..._atom_site.label_entity_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12022年12月7日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 2.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoserine phosphatase
B: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4037
ポリマ－49,8472
非ポリマー5555
水3,333185
1
A: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1493
ポリマ－24,9241
非ポリマー2252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Phosphoserine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2544
ポリマ－24,9241
非ポリマー3303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.670, 128.970, 155.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Phosphoserine phosphatase / PSPase / L-3-phosphoserine phosphatase / O-phosphoserine phosphohydrolase


分子量: 24923.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSPH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P78330, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-SEP / PHOSPHOSERINE / PHOSPHONOSERINE / L-ホスホセリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 185.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CaCl2 0.15 M; sodium cacodylate 0.1 M pH 6.5; PEG 2000 20%

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.929→34.23 Å / Num. obs: 36957 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 43.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02987 / Rpim(I) all: 0.02987 / Rrim(I) all: 0.04224 / Net I/σ(I): 11.27
反射 シェル解像度: 1.929→1.998 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5529 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 3228 / CC1/2: 0.589 / Rpim(I) all: 0.5529 / Rrim(I) all: 0.7819 / % possible all: 87.57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NNL

1nnl


解像度: 1.929→34.23 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1847 5 %
Rwork0.1998 --
obs0.203 36943 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.65 Å2 / Biso mean: 48.8391 Å2 / Biso min: 23.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.929→34.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3454 0 37 185 3676
Biso mean--57.77 48.83 -
残基数----444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9292-1.98140.49851200.48622291241184
1.9814-2.03970.40281420.341926902832100
2.0397-2.10550.30381410.279326782819100
2.1055-2.18070.30251410.246426862827100
2.1807-2.2680.27921440.216627322876100
2.268-2.37120.24741420.219226872829100
2.3712-2.49620.27311430.218627172860100
2.4962-2.65260.28741430.204927302873100
2.6526-2.85730.29491440.230427272871100
2.8573-3.14460.29971440.217727392883100
3.1446-3.59920.23041450.190127472892100
3.5992-4.5330.24681460.164927692915100
4.533-34.2350.23641520.173429033055100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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