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- PDB-6hxy: Crystal structure of the head and coiled-coil domains of zebrafis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hxy
タイトルCrystal structure of the head and coiled-coil domains of zebrafish CCDC61
要素Coiled-coil domain-containing protein 61
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Centrosome / cilia / scaffold protein / proto-filament
機能・相同性
機能・相同性情報


centriolar subdistal appendage / centriole assembly / cell projection organization / microtubule organizing center / centriolar satellite / mitotic spindle assembly / ciliary basal body / centrosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Centrosomal protein CCDC61
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ochi, T. / van Breugel, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: CCDC61/VFL3 Is a Paralog of SAS6 and Promotes Ciliary Functions.
著者: Ochi, T. / Quarantotti, V. / Lin, H. / Jullien, J. / Rosa E Silva, I. / Boselli, F. / Barnabas, D.D. / Johnson, C.M. / McLaughlin, S.H. / Freund, S.M.V. / Blackford, A.N. / Kimata, Y. / ...著者: Ochi, T. / Quarantotti, V. / Lin, H. / Jullien, J. / Rosa E Silva, I. / Boselli, F. / Barnabas, D.D. / Johnson, C.M. / McLaughlin, S.H. / Freund, S.M.V. / Blackford, A.N. / Kimata, Y. / Goldstein, R.E. / Jackson, S.P. / Blundell, T.L. / Dutcher, S.K. / Gergely, F. / van Breugel, M.
履歴
登録2018年10月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coiled-coil domain-containing protein 61
B: Coiled-coil domain-containing protein 61


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0752
ポリマ－39,0752
非ポリマー00
水48627
1
A: Coiled-coil domain-containing protein 61
B: Coiled-coil domain-containing protein 61

A: Coiled-coil domain-containing protein 61
B: Coiled-coil domain-containing protein 61


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1504
ポリマ－78,1504
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)93.088, 100.560, 135.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 61


分子量: 19537.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: ccdc61, zgc:153153 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q08CF3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1 M LiCl, 100 mM Citric acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→68.31 Å / Num. obs: 14498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2302 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 0.93 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HXV

6hxv


解像度: 2.9→67.879 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2581 1454 10.06 %
Rwork0.1999 --
obs0.2057 14453 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→67.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 0 27 2354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082383
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2033239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.235872
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.00370.34881400.29731284X-RAY DIFFRACTION100
3.0037-3.1240.37281500.27891275X-RAY DIFFRACTION100
3.124-3.26620.34341370.24951283X-RAY DIFFRACTION100
3.2662-3.43840.36491520.22921285X-RAY DIFFRACTION100
3.4384-3.65380.24271360.21091289X-RAY DIFFRACTION100
3.6538-3.93590.25171380.18171291X-RAY DIFFRACTION100
3.9359-4.33190.18661510.15731299X-RAY DIFFRACTION100
4.3319-4.95860.21861460.14641294X-RAY DIFFRACTION100
4.9586-6.24660.2741480.20491330X-RAY DIFFRACTION100
6.2466-67.89810.25241560.21311369X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1121-0.02340.2320.2892-0.12150.38060.6583-0.05370.0821-0.14770.09980.0764-0.34190.06470.95620.6225-0.02520.56280.4129-0.00680.4876-35.2436-18.01120.8963
20.00390.0029-0.00460.00640.00270.00720.04220.045-0.0361-0.0393-0.03720.0066-0.02390.0172-01.0493-0.15760.31631.1622-0.15530.625-21.1456-18.1189-3.6221
30.2121-0.08120.0260.32790.0450.06660.2785-0.1565-0.05020.3317-0.48690.1016-0.0827-0.0807-0.22960.3399-0.07220.12970.3412-0.00360.3367-5.9703-6.5479-17.1046
40.00330.00030.00430.0065-0.0029-0.00080.03630.0137-0.02070.0995-0.04650.0301-0.1089-0.0742-00.799-0.11610.4250.90310.06890.8225-28.7311-14.0266-0.2209
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 3:144
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 145:163
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resseq 2:144
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resseq 145:163

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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