PDB-6hwm: Structure of Thermus thermophilus ClpP in complex with bortezomib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hwm

タイトル

Structure of Thermus thermophilus ClpP in complex with bortezomib

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / complex / activator

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / ATP-dependent peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Felix, J. / Schanda, P. / Fraga, H. / Morlot, C.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Grenoble Instruct-ERIC Center	301	フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology	ANR-10-LABX-49-01	フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology	ANR-10-INSB-05-02	フランス

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Mechanism of the allosteric activation of the ClpP protease machinery by substrates and active-site inhibitors.
著者: Felix, J. / Weinhaupl, K. / Chipot, C. / Dehez, F. / Hessel, A. / Gauto, D.F. / Morlot, C. / Abian, O. / Gutsche, I. / Velazquez-Campoy, A. / Schanda, P. / Fraga, H.

履歴

登録	2018年10月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年4月12日	Group: Database references / Source and taxonomy カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hwm.cif.gz	512.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hwm.ent.gz	429.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6hwm_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6hwm_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6hwm_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	6hwm_validation.cif.gz	63.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hw/6hwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6hwnC 3ktiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1tg6-2 6nah-1 6nah-2 6hwn-1 6l40-d 6vgn-d 5vz2-d 7951 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

162 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
325 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.139, 168.740, 166.083
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 22763.105 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現詳細: In each ClpP monomer, Ser97 is covalently bound to the boron atom of botezomib. 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: clpP, TTHA0615 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SKM8, UniProt: Q72L15*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 化合物	ChemComp-BO2 / N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / BORTEZOMIB / ボルテゾミブ分子量: 384.237 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₅BN₄O₄ / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.8, 30% PEG 400, 10 mM bortezomib

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.7293 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7293 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→46.286 Å / Num. obs: 52300 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 93.62 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/av σ(I): 16.98 / Net I/σ(I): 16.98
反射シェル	解像度: 2.7→2.796 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 5126 / CC_1/2: 0.648 / R_rim(I) all: 2.651 / % possible all: 99.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KTI

3kti

解像度: 2.7→46.286 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2362	5222	10 %
R_work	0.2046	-	-
obs	0.2078	52241	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.286 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9913	0	217	0	10130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	10310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.377	14012
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.28	3650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.196	1645
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1800

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7307	0.4139	165	0.4006	1502	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7307-2.7628	0.4267	175	0.3664	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7628-2.7965	0.4082	169	0.3726	1520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7965-2.8319	0.5387	174	0.4647	1564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8319-2.8691	0.4507	174	0.4678	1559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8691-2.9084	0.444	170	0.4045	1538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9084-2.95	0.4304	172	0.3743	1549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-2.994	0.3764	173	0.333	1563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.994-3.0408	0.3521	172	0.3006	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0408-3.0906	0.3377	175	0.2831	1578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0906-3.1439	0.3438	171	0.2788	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1439-3.2011	0.2961	175	0.2733	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2011-3.2626	0.2977	171	0.2624	1546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2626-3.3292	0.307	173	0.2664	1555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3292-3.4016	0.3003	174	0.251	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4016-3.4807	0.2882	175	0.2425	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4807-3.5677	0.2542	172	0.2064	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5677-3.6641	0.2572	174	0.2137	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6641-3.7719	0.2585	173	0.2023	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7719-3.8936	0.2385	174	0.1911	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8936-4.0327	0.2558	175	0.1757	1573	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0327-4.194	0.1811	174	0.1794	1567	X-RAY DIFFRACTION	100
4.194-4.3848	0.1961	176	0.1643	1577	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3848-4.6157	0.1796	174	0.1585	1574	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6157-4.9046	0.1908	176	0.1582	1583	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9046-5.2828	0.2467	176	0.1863	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2828-5.8135	0.2458	177	0.1994	1589	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8135-6.6526	0.2361	178	0.2027	1608	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6526-8.3735	0.1781	180	0.173	1618	X-RAY DIFFRACTION	100
8.3735-46.2929	0.186	185	0.1771	1672	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1498	-0.4434	0.3501	2.1252	-0.2091	2.5434	0.0515	-0.0093	-0.3681	-0.0824	0.0972	0.398	0.2997	-0.3382	-0.1576	0.8694	-0.2474	-0.0876	0.7646	0.0693	1.1012	-22.9042	-57.1144	36.2627
2	0.6925	0.0004	-0.0815	1.8735	-0.0012	1.4667	0.0509	-0.0324	-0.2766	0.1279	0.0451	0.316	0.2467	-0.3446	-0.0834	0.6801	-0.1461	0.0572	0.7937	0.1155	0.9425	-30.1853	-45.7915	59.1306
3	1.0308	0.9175	0.1468	2.2735	0.0036	2.6249	-0.0834	-0.1106	-0.1904	0.2048	0.0745	0.3191	-0.1835	-0.462	-0.0145	0.679	0.1701	0.1717	0.9689	0.0888	0.8449	-30.0588	-18.5333	64.6707
4	1.5509	0.7442	-0.3551	2.3714	0.467	2.6821	-0.0398	-0.0729	0.0234	-0.1305	0.0089	0.188	-0.5445	-0.4798	0.0239	0.8121	0.3105	0.0747	0.8238	0.0747	0.6188	-25.7594	1.8555	47.9072
5	2.6229	-0.0521	-0.4353	2.1833	0.5897	1.7657	-0.1854	-0.1189	-0.0121	-0.1474	0.1818	0.2736	-0.5061	-0.2235	-0.0244	0.8995	0.1846	0.0258	0.6411	0.0874	0.4607	-20.0929	1.3182	21.8858
6	2.2793	-0.5621	-0.8383	2.3194	0.1687	2.3859	-0.0279	0.0502	-0.1609	-0.0681	0.1853	0.1009	-0.0955	-0.2495	-0.1626	0.825	-0.028	-0.0473	0.7436	0.0205	0.6393	-15.0986	-20.2095	6.1561
7	1.9265	-0.8661	-0.2533	2.4679	-0.6383	2.6969	0.0648	-0.0202	-0.3428	-0.2308	0.1364	0.1546	0.4111	-0.3143	-0.2081	0.8417	-0.1388	-0.1651	0.6468	-0.0465	0.8631	-16.2775	-46.3829	12.4656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 3 through 193)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 3 through 201)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 2 through 193)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 2 through 193)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 1 through 201)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 2 through 196)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 2 through 193)

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