ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.11.1_2575: ???)精密化 | xia2 | | データ削減 | XDS | | データ削減 | pointless | | データスケーリング | Coot | | モデル構築 | SHELXDE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→33.896 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 24.1
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2055 | 799 | 5.21 % |
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Rwork | 0.1939 | - | - |
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obs | 0.1946 | 7989 | 99.71 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.59 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.74→33.896 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 404 | 108 | 83 | 595 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.011 | 650 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.385 | 1030 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d26.501 | 207 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.065 | 87 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.012 | 29 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.7405-1.8495 | 0.3303 | 133 | 0.3398 | 2441 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.8495-1.9923 | 0.3099 | 134 | 0.3077 | 2444 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.9923-2.1928 | 0.2908 | 163 | 0.2465 | 2348 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1928-2.51 | 0.2569 | 118 | 0.2049 | 2440 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.51-3.162 | 0.2598 | 127 | 0.1968 | 2428 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.162-33.9021 | 0.1314 | 124 | 0.1505 | 2438 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 5.5622 | -3.0829 | 3.4695 | 5.8336 | -2.2901 | 2.0653 | -0.0288 | -0.0461 | -0.1485 | 0.5708 | 0.1425 | 0.2434 | -0.3797 | -0.2368 | -0.0576 | 0.3311 | -0.0978 | 0.0427 | 0.3623 | -0.0381 | 0.3075 | 12.5943 | -12.4174 | 5.0311 | 2 | 5.9534 | -3.8042 | 2.7739 | 4.8633 | -3.8228 | 2.9995 | 0.1366 | 0.4401 | -0.2694 | -0.0932 | -0.0006 | 0.2501 | 0.1273 | 0.3315 | -0.1661 | 0.3824 | -0.0887 | 0.021 | 0.2883 | -0.049 | 0.3157 | 11.6029 | -11.3734 | -1.9733 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 1 through 10 )2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'B' and (resid 1 through 10 ) | |
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