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- PDB-6hw2: The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hw2
タイトルThe Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains
要素
  • Chromobox protein homolog 3
  • Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


senescence-associated heterochromatin focus / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / positive regulation of protein localization to nucleolus / chromatin lock complex / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / gamma-aminobutyric acid secretion / detection of light stimulus involved in visual perception / high voltage-gated calcium channel activity / cAMP metabolic process / histone methyltransferase binding ...senescence-associated heterochromatin focus / voltage-gated calcium channel activity involved in regulation of presynaptic cytosolic calcium levels / positive regulation of protein localization to nucleolus / chromatin lock complex / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / gamma-aminobutyric acid secretion / detection of light stimulus involved in visual perception / high voltage-gated calcium channel activity / cAMP metabolic process / histone methyltransferase binding / Peyer's patch development / condensed chromosome, centromeric region / muscle cell development / neuronal action potential propagation / nuclear inner membrane / nervous system process / adult walking behavior / voltage-gated calcium channel complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neuromuscular junction development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / voltage-gated calcium channel activity / heterochromatin / pericentric heterochromatin / spleen development / : / cellular response to dexamethasone stimulus / cellular response to leukemia inhibitory factor / thymus development / transcription coregulator binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / regulation of membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / RNA Polymerase I Promoter Escape / euchromatin / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium ion transport / rhythmic process / nuclear envelope / heterochromatin formation / T cell receptor signaling pathway / presynapse / chemical synaptic transmission / chromosome, telomeric region / nuclear speck / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / protein kinase binding / chromatin / glutamatergic synapse / enzyme binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Chromo domain, conserved site ...Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / SH3 Domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4 / Chromobox protein homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.941 Å
データ登録者Tanner, N. / Tripathy, D.R. / Hirsch, J.A.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1201/04 イスラエル
Israel Science Foundation1500/16 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains
著者: Tanner, N. / Tripathy, D.R. / Hirsch, J.A.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4
B: Chromobox protein homolog 3
C: Chromobox protein homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,17114
ポリマ－34,4693
非ポリマー70211
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.026, 58.036, 57.546
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.700, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4


分子量: 17531.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cacnb4
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D4A055*PLUS
#2: タンパク質 Chromobox protein homolog 3 / HECH / Heterochromatin protein 1 homolog gamma / HP1 gamma / Modifier 2 protein


分子量: 8468.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX3
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q13185

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非ポリマー , 5種, 213分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.15 M NaCl, 12-14% PEG 3350 , pH 5.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.941→33.12 Å / Num. obs: 26484 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.941→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Num. unique obs: 2518

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VYV

1vyv


解像度: 1.941→33.12 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 --
Rwork0.1775 --
obs0.1792 26484 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.941→33.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2043 0 34 202 2279
LS精密化 シェル解像度: 1.941→2.0104 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2774 134 -
Rwork0.2339 2471 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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