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- PDB-6hw1: ROOM TEMPERATURE STRUCTURE OF LIPASE FROM T. LANUGINOSA AT 2.5 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hw1
タイトルROOM TEMPERATURE STRUCTURE OF LIPASE FROM T. LANUGINOSA AT 2.5 A RESOLUTION IN CHIPX MICROFLUIDIC DEVICE
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / LIPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Lipase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Fernadez-Penas, R. / Martinez-Rodriguez, S. / Verdugo-Escamilla, C.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBIO2016-74875-P スペイン
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: A simple and versatile microfluidic device for efficient biomacromolecule crystallization and structural analysis by serial crystallography.
著者: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / ...著者: de Wijn, R. / Hennig, O. / Roche, J. / Engilberge, S. / Rollet, K. / Fernandez-Millan, P. / Brillet, K. / Betat, H. / Morl, M. / Roussel, A. / Girard, E. / Mueller-Dieckmann, C. / Fox, G.C. / Olieric, V. / Gavira, J.A. / Lorber, B. / Sauter, C.
履歴
登録2018年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct.title
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2717
ポリマ－58,6852
非ポリマー5865
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.652, 142.652, 80.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Lipase / Triacylglycerol lipase


分子量: 29342.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermomyces lanuginosus (菌類) / 参照: UniProt: O59952, triacylglycerol lipase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 % / 解説: Bi-pyramidal hexagon
結晶化温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7.5
詳細: 300 mM Na/K Phosphate, 50 mM NaAc pH 4.5. COUNTER-DIFFUSION IN CHIPX MICROFLUIDIC DEVICE
PH範囲: 4.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Ambient temp details: Room Temperature / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月4日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.06 Å / Num. obs: 31982 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 63.3 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3668 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.8 / Rrim(I) all: 1.2 / Χ2: 1.07 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GWL

4gwl


解像度: 2.5→49.055 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1994 1573 4.99 %
Rwork0.172 --
obs0.1733 31516 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 61.63 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 83.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 35 47 4224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034567
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5186248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.073891
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5001-2.58080.36671270.3472662X-RAY DIFFRACTION95
2.5808-2.67310.37131490.32312676X-RAY DIFFRACTION96
2.6731-2.78010.32741520.28322673X-RAY DIFFRACTION96
2.7801-2.90660.30961710.25842667X-RAY DIFFRACTION97
2.9066-3.05980.26251510.23412713X-RAY DIFFRACTION98
3.0598-3.25150.2221440.20682760X-RAY DIFFRACTION98
3.2515-3.50250.2091390.17422724X-RAY DIFFRACTION97
3.5025-3.85480.16941140.15332791X-RAY DIFFRACTION98
3.8548-4.41230.18071640.13592735X-RAY DIFFRACTION98
4.4123-5.55780.16791340.12812766X-RAY DIFFRACTION98
5.5578-49.06450.14141280.15032776X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.05526.38564.28159.32532.91542.91380.1059-0.2813-0.08780.2671-0.43250.6451-0.01770.11060.38620.4910.09220.00020.4771-0.09310.5221-36.2907-50.62313.4025
24.7872-4.6779-5.17484.82535.11566.01930.59030.19420.9131-0.38930.5102-1.6515-1.48852.0427-0.94470.6409-0.02710.08091.1729-0.02280.9134-18.5234-47.51992.0224
37.7685-1.8828-0.89757.8963-2.00938.6693-0.00620.36880.1885-0.4516-0.1179-1.2365-0.73240.86950.02320.5822-0.01290.00750.7628-0.00020.4363-23.7566-44.4516-3.2985
45.3348-2.3277-2.84962.14983.46136.41250.3611-0.05060.4807-0.1268-0.17-0.6705-0.94740.5035-0.32190.7603-0.0093-0.11450.5110.04060.5223-28.7813-38.78742.4042
55.2794-0.1130.14237.55681.63612.56310.44271.55591.1385-1.1501-0.5296-0.033-2.19260.190.18441.47170.29320.11670.99250.23920.8359-40.1999-23.4427-5.203
64.0993-3.5211-4.19957.00485.29365.83540.87881.27320.372-1.8361-0.92470.049-1.68830.1023-0.16941.07760.1902-0.05221.09330.21570.64-31.152-34.5299-12.2677
73.4868-0.7096-0.08023.17780.16293.03960.05050.5772-0.0019-0.3592-0.30280.505-0.7233-0.55970.22210.57740.1908-0.10980.5495-0.05790.4756-41.944-39.35942.9923
87.46354.6698-0.9484.4389-3.30764.9508-0.3643-0.2696-0.77650.51130.3330.0624-0.6722-0.7491-0.12750.47460.22530.06260.74540.16420.6351-29.8235-53.618132.8207
96.9339-5.0948-4.11253.86393.49954.3104-0.3415-1.45321.49260.76781.0187-0.8682-3.3858-0.1525-0.54081.77350.50920.16571.193-0.07930.9461-32.8807-34.389736.1547
106.6752-0.85932.15074.1320.42697.4773-0.9196-1.08090.62240.47950.31760.2273-1.8648-0.79810.50711.09410.347-0.04860.82360.02810.5195-28.1882-39.253836.6942
112.1878-2.195-0.06583.8883-1.10986.1823-0.5057-0.44120.40740.59440.1835-0.6308-1.16930.83910.3460.8369-0.041-0.14610.94190.05230.5904-13.0847-45.229236.5024
123.9601-0.3965-1.60824.2662-0.54525.8088-0.6481-1.6790.35081.40120.3503-0.3048-1.44830.09070.16681.03710.252-0.15371.07280.00350.5171-18.5221-45.069345.3868
133.95980.4131-0.2463.0282-1.21281.5754-0.1175-0.9999-0.46250.92230.1274-0.0363-0.26450.2251-0.01540.64760.1527-0.00380.85160.22820.5093-17.8055-52.793241.4927
144.42450.10521.15972.41610.32110.7732-0.3687-0.5118-0.55910.4088-0.0534-0.30990.06160.93080.34130.39450.15790.01380.88070.23840.6111-11.9887-56.778933.9915
156.4678-1.01312.24193.8101-1.07865.40760.0882-0.0159-0.8428-0.1257-0.1143-0.19780.4270.62680.05150.35710.11020.06150.56020.07810.4797-19.8549-57.718325.2987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 22 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 41 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 70 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 71 through 91 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 92 through 107 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 108 through 134 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 135 through 269 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 36 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 37 through 70 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 71 through 107 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 108 through 159 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 160 through 178 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 179 through 211 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 212 through 269 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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