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- PDB-6huw: Crystal structure of CdaA from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6huw
タイトルCrystal structure of CdaA from Bacillus subtilis
要素Diadenylate cyclase
キーワードTRANSFERASE / c-di-AMP / di-adenylate cyclase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / nucleotidyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. ...YojJ-like (1 / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain / Diadenylate cyclase CdaA, N-terminal domain / CdaA N-terminal transmembrane domain / Diadenylate cyclase CdaA / Diadenylate cyclase / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal / DNA integrity scanning protein, DisA, N-terminal domain superfamily / DisA bacterial checkpoint controller nucleotide-binding / Diadenylate cyclase (DAC) domain profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diadenylate cyclase / Cyclic di-AMP synthase CdaA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tosi, T. / Freemont, P.S. / Grundling, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CdaA/GlmM complex in Bacillus subtilis
著者: Tosi, T. / Hoshiga, F.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diadenylate cyclase
B: Diadenylate cyclase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2482
ポリマ－40,2482
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.886, 62.886, 187.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Diadenylate cyclase / DAC / Cyclic-di-AMP synthase / c-di-AMP synthase


分子量: 20123.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: dacA, AX282_00750, B4417_1452, BS21228_13325, C7T97_16060, DJ572_00670, DLD52_20680, SC09_Contig25orf01072
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A063XB03, UniProt: Q45589*PLUS, diadenylate cyclase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.1M Ammonium Sulfate, 0.3M Sodium Formate, 6% PEG8000, 3% PGA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→93.66 Å / Num. obs: 9974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.2 % / Biso Wilson estimate: 65.08 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 24.1 % / Rmerge(I) obs: 1.825 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique obs: 1396 / CC1/2: 0.97 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RV7

4rv7


解像度: 2.8→59.616 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2966 445 4.49 %
Rwork0.2545 --
obs0.2565 9901 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.16 Å2 / Biso mean: 69.2376 Å2 / Biso min: 34.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→59.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2198 0 0 0 2198
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082230
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1923014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062366
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3181384
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.8-3.20520.39351490.316530513200
3.2052-4.03810.3331390.292731123251
4.0381-59.62990.25511570.218332933450
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39860.21740.45765.288-2.86933.50310.6336-0.2685-0.37061.0812-0.4766-0.92570.65840.2083-0.41331.186-0.1433-0.2190.5264-0.03660.588910.974513.309124.4143
21.50730.2732-0.25382.80590.55022.9992-0.0709-0.14190.3078-0.1907-0.1040.11780.3699-0.41630.27560.5878-0.06-0.03810.3518-0.10150.4297-1.668813.335815.763
36.4617-1.46771.88895.2482-1.52563.19950.2660.1336-0.1430.3345-0.5211-0.47660.54860.37450.46790.6626-0.040.01810.278-0.06430.4244.72369.035914.4923
40.1016-0.1453-0.14870.25670.13650.3277-0.51340.53340.5177-2.04720.2444-0.3221-0.18390.09740.14161.1939-0.2217-0.2860.1383-0.04660.95142.553625.89795.897
53.32320.4414-0.04552.8632-0.18081.71140.03850.35930.2295-0.5488-0.11670.1639-0.2499-0.19060.13620.9123-0.0105-0.13960.2569-0.07530.57655.23825.259514.1944
63.76921.7653-3.57045.3641-4.45975.0956-0.3225-1.16940.67660.0345-0.77860.1555-0.97780.5317-1.02351.26070.0709-0.40130.8065-0.31560.51928.481323.181127.8704
74.9272-1.93060.84822.4202-0.16442.19230.30240.4498-0.39130.3995-0.06350.02030.1122-0.1885-0.03340.8335-0.0910.03190.22130.01170.45373.3442-10.579511.6409
87.4418-0.9663-0.69483.53411.84260.95890.21990.14460.43710.6984-0.20740.05760.052-0.3430.37780.802-0.1248-0.06430.1805-0.04630.45284.3051-1.586415.3515
90.4843-0.8057-0.20352.8296-0.93086.31810.6522-0.8010.18060.717-0.56080.0485-0.23870.91350.04840.8748-0.0216-0.14360.35070.07170.49638.117-4.667916.2664
103.4718-1.7037-0.65067.7876-0.94690.3485-0.58960.9418-0.26651.52930.5742-1.7533-0.73851.3512-0.12750.7156-0.0347-0.31561.015-0.13490.903918.6819-17.751718.0075
114.72040.34180.54972.6768-0.54443.60480.1839-0.4728-1.52440.8972-0.372-1.81030.29770.1403-0.20290.91930.0516-0.19560.41080.00950.794112.4088-18.535612.5988
126.0277-4.238-0.32643.8904-0.69584.4878-0.74320.5175-1.5772-0.40750.2110.65950.48040.625-0.4310.9111-0.02060.11510.45170.04010.44753.2167-18.90613.5638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 107 through 126 )A107 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 155 )A127 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 156 through 183 )A156 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 184 through 202 )A184 - 202
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 203 through 241 )A203 - 241
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 242 through 252 )A242 - 252
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 107 through 145 )B106 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 146 through 162 )B146 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 163 through 183 )B163 - 183
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 184 through 201 )B184 - 201
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 202 through 237 )B202 - 237
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 238 through 252 )B238 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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