PDB-6hur: 2'-fucosyllactose and 3-fucosyllactose binding protein from Bifid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6hur

タイトル

2'-fucosyllactose and 3-fucosyllactose binding protein from Bifidobacterium longum infantis, bound with 2'-fucosyllactose

要素

ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Solute Binding Protein / 2'-Fucosyllactose / Bifidobacterium longum infantis / ABC-transporter

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / beta-D-glucopyranose / ABC transporter substrate-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.297 Å

データ登録者

Ejby, M. / Abou Hachem, M. / Lo Leggio, L. / Katayama, T. / Sakanaka, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Evolutionary adaptation in fucosyllactose uptake systems supports bifidobacteria-infant symbiosis.
著者: Sakanaka, M. / Hansen, M.E. / Gotoh, A. / Katoh, T. / Yoshida, K. / Odamaki, T. / Yachi, H. / Sugiyama, Y. / Kurihara, S. / Hirose, J. / Urashima, T. / Xiao, J.Z. / Kitaoka, M. / Fukiya, S. / ...

履歴

登録	2018年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6hur.cif.gz	186.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6hur.ent.gz	146.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6hur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/6hur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/6hur	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6husC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7c19-2 4r9g-1 3ngc-d 6hus-d 2vak-9 5ub5-d 2vak-1 4rk2-1 2z8e-1 6rl1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (2)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

49.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, gel filtration, homology, isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.000, 134.000, 59.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	ABC transporter substrate-binding protein 分子量: 48123.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア) 遺伝子: BFS25_04965 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S2VYK0

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-2-3/a4-b1_b2-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 4種, 499分子

#3: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Drop ratio 1:1 protein: 100 mg/mL in 10 mM MES pH 6.5 and 150 mM NaCl Mother liqour: 0.1 M MES pH 6.5, 25 % PEG-500MME and 10 mM ZnSO4 Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid Nitrogen stream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.297→41.61 Å / Num. obs: 98453 / % possible obs: 99.42 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06549 / R_pim(I) all: 0.03582 / R_rim(I) all: 0.07486 / Net I/σ(I): 10.43
反射シェル	解像度: 1.297→1.343 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.03 / Num. unique obs: 9625 / CC_1/2: 0.475 / % possible all: 97.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126	データ削減
XSCALE	VERSION Jan 26, 2018 BUILT=20180126	データスケーリング
Coot	V. 0.8.9.1	モデル構築
PHENIX	1.13_2998	モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.297→41.61 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	-	-
R_work	0.1513	-	-
obs	-	98453	99.42 %

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.82 Å² / B_iso mean: 19.95 Å² / B_iso min: 11.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.297→41.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3387	0	82	491	3960

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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