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- PDB-6hse: Structure of dithionite-reduced RsrR in spacegroup P2(1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hse
タイトルStructure of dithionite-reduced RsrR in spacegroup P2(1)
要素Rrf2 family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / REDOX SENSOR / IRON SULFUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / SULFITE ION / Rrf2 family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Transcription Regulator RsrR Reveals a [2Fe-2S] Cluster Coordinated by Cys, Glu, and His Residues.
著者: Volbeda, A. / Martinez, M.T.P. / Crack, J.C. / Amara, P. / Gigarel, O. / Munnoch, J.T. / Hutchings, M.I. / Darnault, C. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rrf2 family transcriptional regulator
C: Rrf2 family transcriptional regulator
B: Rrf2 family transcriptional regulator
D: Rrf2 family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,61112
ポリマ－69,5444
非ポリマー1,0688
水1,33374
1
A: Rrf2 family transcriptional regulator
C: Rrf2 family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3006
ポリマ－34,7722
非ポリマー5284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area14640 Å2
手法PISA
2
B: Rrf2 family transcriptional regulator
D: Rrf2 family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3126
ポリマ－34,7722
非ポリマー5404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.270, 94.110, 97.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質
Rrf2 family transcriptional regulator


分子量: 17385.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_6563 / プラスミド: pGS-21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RGC9

-
非ポリマー , 5種, 82分子

#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: NaCl, PEG6000, MES, dithionite, anaerobic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.05 Å / Num. obs: 29137 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 155123
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.385.52.17728380.3011.0222.4199.6
8.91-47.0550.0355170.9980.0170.03999.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1200012168

解像度: 2.3→47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 26.851 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2614 1378 4.8 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
obs0.23 27474 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 170.24 Å2 / Biso mean: 62.603 Å2 / Biso min: 33.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-1.41 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4611 0 36 74 4721
Biso mean--45.56 41.24 -
残基数----638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.9916521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7785644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.45123.092152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04315723
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8011536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0223534
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 100 -
Rwork0.378 1812 -
all-1912 -
obs--89.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1376-0.1920.60521.4196-0.73832.0643-0.1531-0.07530.12190.09610.12560.04740.0609-0.21820.02750.1140.0099-0.06820.0321-0.03860.20988.173119.9426-0.935
20.3844-0.07890.49060.8933-0.94872.53580.06570.06490.00470.2113-0.0215-0.24080.17530.3756-0.04420.27020.0821-0.18250.0881-0.05620.217925.020311.481417.9663
31.313-1.02181.99441.1733-1.81653.78590.0347-0.3582-0.2292-0.00040.33030.33640.1266-0.742-0.36510.11540.0169-0.05630.22820.0670.25883.725338.728329.7424
40.9738-0.72691.56621.585-1.72883.8383-0.0389-0.16170.1541-0.02560.0936-0.22830.1034-0.2462-0.05480.05050.0076-0.06710.0376-0.01810.179925.029132.03644.1402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 161
2X-RAY DIFFRACTION1A170
3X-RAY DIFFRACTION2C1 - 159
4X-RAY DIFFRACTION2C170
5X-RAY DIFFRACTION3B1 - 158
6X-RAY DIFFRACTION3B170
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 160
8X-RAY DIFFRACTION4D170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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