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万見
- PDB-6hsd: Crystal structure of the oxidized form of the transcription regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hsd
タイトルCrystal structure of the oxidized form of the transcription regulator RsrR
要素Rrf2 family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / REDOX SENSOR / IRON SULFUR CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription factor activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Rrf2-type, conserved site / Rrf2-type HTH domain signature. / Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Rrf2 family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Transcription Regulator RsrR Reveals a [2Fe-2S] Cluster Coordinated by Cys, Glu, and His Residues.
著者: Volbeda, A. / Martinez, M.T.P. / Crack, J.C. / Amara, P. / Gigarel, O. / Munnoch, J.T. / Hutchings, M.I. / Darnault, C. / Le Brun, N.E. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2018年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rrf2 family transcriptional regulator
B: Rrf2 family transcriptional regulator
C: Rrf2 family transcriptional regulator
D: Rrf2 family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,19327
ポリマ－69,5444
非ポリマー2,64923
水8,701483
1
A: Rrf2 family transcriptional regulator
C: Rrf2 family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,47017
ポリマ－34,7722
非ポリマー1,69915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
2
B: Rrf2 family transcriptional regulator
D: Rrf2 family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,72310
ポリマ－34,7722
非ポリマー9518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.290, 94.510, 99.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Rrf2 family transcriptional regulator


分子量: 17385.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
遺伝子: SVEN_6563 / プラスミド: pGS-21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RGC9

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非ポリマー , 5種, 506分子

#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: NaCl, PEG6000, MES, anaerobic

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.945
シンクロトロンESRF ID23-121.73978
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 S 6M1PIXEL2016年6月27日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2016年6月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9451
21.739781
反射解像度: 1.6→47.26 Å / Num. obs: 87187 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 19.5 / Num. measured all: 332569 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.6-1.663.91.43684130.3750.8281.66296.7
6.2-47.263.60.02515370.9990.0150.02998

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.478 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.08
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 4156 4.8 %RANDOM
Rwork0.1403 ---
obs0.1426 82904 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.52 Å2 / Biso mean: 38.807 Å2 / Biso min: 18.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å2-0.59 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4668 0 156 485 5309
Biso mean--48.24 50.55 -
残基数----644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0135035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0210.0174872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.646848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.9131.57111270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.695668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg23.42420.603199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.18415746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.241537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025535
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0240.02956
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.77739907
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.6675327
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.459958
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 354 -
Rwork0.329 5836 -
all-6190 -
obs--94.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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