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- PDB-6hrs: Structure of the TRPML2 ELD at pH 4.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrs
タイトルStructure of the TRPML2 ELD at pH 4.5
要素Mucolipin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRPML Channel Mucolipin Cation Channel Endolysosomal System
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage migration / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRP channels / calcium ion transmembrane transport ...macrophage migration / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / iron ion transmembrane transporter activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRP channels / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / recycling endosome membrane / protein transport / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / innate immune response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin, extracytosolic domain / Mucolipin / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Bader, N. / Viet, K.K. / Wagner, A. / Hellmich, U.A. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure of the Human TRPML2 Ion Channel Extracytosolic/Lumenal Domain.
著者: Kerstin K Viet / Annika Wagner / Kevin Schwickert / Nils Hellwig / Martha Brennich / Nicole Bader / Tanja Schirmeister / Nina Morgner / Hermann Schindelin / Ute A Hellmich /
要旨: TRPML2 is the least structurally characterized mammalian transient receptor potential mucolipin ion channel. The TRPML family hallmark is a large extracytosolic/lumenal domain (ELD) between ...TRPML2 is the least structurally characterized mammalian transient receptor potential mucolipin ion channel. The TRPML family hallmark is a large extracytosolic/lumenal domain (ELD) between transmembrane helices S1 and S2. We present crystal structures of the tetrameric human TRPML2 ELD at pH 6.5 (2.0 Å) and 4.5 (2.95 Å), corresponding to the pH values in recycling endosomes and lysosomes. Isothermal titration calorimetry shows Ca binding to the highly acidic central pre-pore loop which is abrogated at low pH, in line with a pH-dependent channel regulation model. Small angle X-ray scattering confirms the ELD dimensions in solution. Changes in pH or Ca concentration do not affect the protein's secondary structure, but can influence ELD oligomer integrity according to native mass spectrometry. Our data thus complete the set of high-resolution views of human TRPML channel ELDs and reveal some structural responses to the conditions the TRPML2 ELD encounters as the channel traffics through the endolysosomal system.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucolipin-2
B: Mucolipin-2
C: Mucolipin-2
D: Mucolipin-2
E: Mucolipin-2
F: Mucolipin-2
G: Mucolipin-2
H: Mucolipin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,84710
ポリマ－184,6628
非ポリマー1842
水32418
1
A: Mucolipin-2
B: Mucolipin-2
C: Mucolipin-2
D: Mucolipin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5156
ポリマ－92,3314
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area36820 Å2
手法PISA
2
E: Mucolipin-2
F: Mucolipin-2
G: Mucolipin-2
H: Mucolipin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3314
ポリマ－92,3314
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7460 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area35880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.523, 142.473, 85.195
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Mucolipin-2 / Transient receptor potential channel mucolipin 2 / TRPML2


分子量: 23082.801 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZK6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 25% PEG 550 MME 0.1 M Na-Acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.61 Å / Num. obs: 35855 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 102.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.95→3.09 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 1.937 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4798 / CC1/2: 0.411 / Rpim(I) all: 0.749 / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HRR

6hrr


解像度: 2.95→28.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.357
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1868 5.22 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 35800 98.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 291.63 Å2 / Biso mean: 117.1 Å2 / Biso min: 47.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.2361 Å20 Å211.6703 Å2
2--8.3436 Å20 Å2
3---5.8925 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→28.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12215 0 12 18 12245
Biso mean--138.1 77.11 -
残基数----1491
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6821SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3927HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it24229HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1586SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact24972SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d24229HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg43607HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.38
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.04 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2502 158 5.36 %
Rwork0.2271 2789 -
all0.2283 2947 -
obs--99.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44590.11460.39223.55880.10116.0888-0.11180.03430.61710.32620.1151-0.3188-0.70440.2966-0.0033-0.0605-0.0308-0.1155-0.3366-0.0053-0.040517.722529.153217.5975
22.6737-0.35550.44152.1910.80285.45210.0622-0.2973-0.49630.14590.04570.70690.5613-0.5966-0.1079-0.2787-0.09570.0963-0.22920.00890.0612-11.723-13.916315.7506
33.21151.287-0.73133.9163-0.50992.11950.0105-0.74550.02360.8408-0.16420.1212-0.3413-0.38250.15370.20390.12970.15820.0423-0.0838-0.36290.74358.439742.5819
44.38641.8780.18045.3441-0.00021.8501-0.15280.68220.1633-0.98980.12130.2392-0.2406-0.07090.0315-0.0252-0.0109-0.0311-0.07350.0024-0.37854.75046.7573-9.3218
51.7451-0.566-1.13533.57361.75486.10680.1132-0.2647-0.7586-0.0510.1060.09540.88350.0046-0.2193-0.0229-0.0947-0.0729-0.36880.13230.1188-12.547942.0275-12.0048
63.7248-0.5218-0.49231.78290.43024.97690.04740.07410.3655-0.50510.11310.7286-0.433-0.6235-0.1605-0.23870.0496-0.2336-0.15120.08150.1093-39.570884.0707-26.9677
73.4688-1.06540.73355.3043-1.8583.6198-0.0023-0.6332-0.26540.68250.06840.7189-0.0166-0.6706-0.0661-0.3566-0.05160.23370.12490.1167-0.2212-32.105167.63865.8301
83.2287-0.87162.01434.8598-1.40383.7890.18140.7499-0.3985-0.8382-0.07490.23890.42370.0893-0.10650.112-0.0934-0.0797-0.1909-0.202-0.4134-20.8458.7493-43.8779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A86 - 281
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B86 - 284
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C89 - 283
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D89 - 283
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E88 - 283
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F86 - 282
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G89 - 283
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }H89 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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